R 软件和数据可视化 - 使用scatter3d函数绘制交互式 3D 散点图

---

前言

这篇教程主要在于如何介绍使用R 软件和包car中的函数scatter3d执行交互式 3d 图形。由于国内关于使用scatter3d函数的教程较少，加上rstudio中的帮助关于scatter3d函数参数的介绍繁琐且复杂，所以特此整理总结。

---

一、安装和加载所需的包

本教程需要rgl和car包：

install.packages(c("rgl", "car"))

加载包：

library("car")

二、准备数据

我们将在以下示例中使用iris数据集：

data(iris)
head(iris)

  Sepal.Length Sepal.Width Petal.Length Petal.Width Species
1          5.1         3.5          1.4         0.2  setosa
2          4.9         3.0          1.4         0.2  setosa
3          4.7         3.2          1.3         0.2  setosa
4          4.6         3.1          1.5         0.2  setosa
5          5.0         3.6          1.4         0.2  setosa
6          5.4         3.9          1.7         0.4  setosa

sep.l <- iris$Sepal.Length
sep.w <- iris$Sepal.Width
pet.l <- iris$Petal.Length

鸢尾花数据集分别给出了来自 3 种鸢尾花的 50 朵花的变量萼片长度和宽度、花瓣长度和宽度的测量值。该物种是鸢尾花、杂色鸢尾和维吉尼亚鸢尾。

三、函数 scatter3d

简化的格式是：

scatter3d(formula, data)
scatter3d(x, y, z)

x, y, z分别是要绘制的点的坐标。参数y和z可以是可选的，具体取决于x的结构。
formula：形式为y ~ x + z的模型公式。如果要按组绘制点，可以使用y ~ x + z | g其中g是将数据分组的因子
data : 计算公式的数据框

---

四、基本3D散点图

library(car)
# 3D plot with the regression plane
scatter3d(x = sep.l, y = pet.l, z = sep.w)

请注意，可以通过按住鼠标或触摸板手动旋转绘图。也可以使用鼠标上的滚轮或使用 PC 上的触摸板或 Mac 上的两个手指（向上或向下）按 ctrl + 进行缩放。

更改点颜色并移除回归曲面：

scatter3d(x = sep.l, y = pet.l, z = sep.w,
        point.col = "blue", surface=FALSE)

五、按组绘制点

默认图

scatter3d(x = sep.l, y = pet.l, z = sep.w, groups = iris$Species)

去除表面

要仅删除网格，可以使用参数grid = FALSE，如下所示：

scatter3d(x = sep.l, y = pet.l, z = sep.w, groups = iris$Species,
          grid = FALSE)

请注意，可以使用参数fit更改表面的显示。fit的可能值是**“linear”、“quadratic”、“smooth”和“additive”**

scatter3d(x = sep.l, y = pet.l, z = sep.w, groups = iris$Species,
          grid = FALSE, fit = "smooth")

去除表面。使用参数suface = FALSE。

scatter3d(x = sep.l, y = pet.l, z = sep.w, groups = iris$Species,
          grid = FALSE, surface = FALSE)

添加浓度椭球

scatter3d(x = sep.l, y = pet.l, z = sep.w, groups = iris$Species,
          surface=FALSE, ellipsoid = TRUE)

从椭球中删除网格：

scatter3d(x = sep.l, y = pet.l, z = sep.w, groups = iris$Species,
          surface=FALSE, grid = FALSE, ellipsoid = TRUE)

按组更改点颜色

使用了参数surface.col。surface.col是回归平面的颜色向量。

对于多组图，颜色用于回归曲面和多组中的点。

scatter3d(x = sep.l, y = pet.l, z = sep.w, groups = iris$Species,
          surface=FALSE, grid = FALSE, ellipsoid = TRUE,
          surface.col = c("#999999", "#E69F00", "#56B4E9"))

也可以使用RColorBrewer包中的调色板：

library("RColorBrewer")
colors <- brewer.pal(n=3, name="Dark2")
scatter3d(x = sep.l, y = pet.l, z = sep.w, groups = iris$Species,
          surface=FALSE, grid = FALSE, ellipsoid = TRUE,
          surface.col = colors)

六、轴

更改轴标签

使用了参数xlab、ylab和zlab：

scatter3d(x = sep.l, y = pet.l, z = sep.w,
        point.col = "blue", surface=FALSE,
        xlab = "Sepal Length (cm)", ylab = "Petal Length (cm)",
        zlab = "Sepal Width (cm)")

删除轴刻度

axis.scales = FALSE

scatter3d(x = sep.l, y = pet.l, z = sep.w,
        point.col = "blue", surface=FALSE, 
        axis.scales = FALSE)

更改轴颜色

默认情况下，3 个轴使用不同的颜色。参数axis.col用于指定 3 个轴的颜色：

scatter3d(x = sep.l, y = pet.l, z = sep.w, groups = iris$Species,
          surface=FALSE, grid = FALSE, ellipsoid = TRUE,
          axis.col = c("black", "black", "black"))

七、为点添加文本标签

使用以下参数：

labels：点的文本标签，每个点一个
id.n : 自动识别的相对极值点的数量

scatter3d(x = sep.l, y = pet.l, z = sep.w, 
          surface=FALSE, labels = rownames(iris), id.n=nrow(iris))

八、导出图像

绘图可以保存为 png 或 pdf。

函数**rgl.snapshot()**用于将屏幕截图保存为 png 文件：

rgl.snapshot(filename = "plot.png")

函数**rgl.postscript()**用于将屏幕截图保存为ps、eps、tex、pdf、svg 或 pgf格式的文件：

rgl.postscript("plot.pdf",fmt="pdf")