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统计Mapped Reads在基因组的CDS(Exon)、Intron、Intergenic等区域的分布，用于检测测序序列在基因组上的来源，正常情况下，Exon(外显子)区域的测序序列定位的百分比含量应该最高，定位到Intron(内含子)区域的测序序列可能是由于非成熟的mRNA的污染或者基因组注释不完全导致的，而定位到Intergenic(基因间隔区域)的测序序列可能为基因组注释不完全以及背景噪音

提取样品总 RNA后，用带有Oligo（dT）的磁珠富集真核生物 mRNA（若为原核生物，则用试剂盒去除 rRNA后进入下一步）。加入 fragmentation buffer将mRNA打断成短片段，以mRNA为模板，用六碱基随机引物（random hexamers）合成第一条cDNA链，然后加入缓冲液、dNTPs、RNase H 和DNA polymerase I合成第二条cDNA链，在经过 Q

转录组即特定细胞在某一功能状态下转录出来的所有RNA的总和，包括mRNA和非编码RNA。RNA-Seq，是基于新一代测序技术的转录组学研究方法：首先提取生物样品的全部转录的RNA并进行mRNA富集，然后反转录为 cDNA后进行的新一代高通量测序，在此基础上进行片段的拼接组装，从而可得到一个个的转录本，进而可以形成对该生物样品当前发育状态的基因表达状况的全局了解。不同阶段或部位的生物样品的RNA

edgeR的安装：source("http://bioconductor.org/biocLite.R") biocLite("edgeR")查看R的当前工作目录：> getwd()[1] "D:/My Documents"载入包：library(limma)library(edgeR)读取数据：raw.data 查看数据