edgeR（未完）

最新推荐文章于 2024-07-02 13:57:53 发布
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分类专栏： RNAseq
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本文档详细介绍了如何安装并使用edgeR进行数据分析，首先从安装过程开始，然后讲解如何读取数据，为初学者提供了一个清晰的入门指南。
摘要由CSDN通过智能技术生成

edgeR的安装：

source("http://bioconductor.org/biocLite.R")
    biocLite("edgeR")

查看R 的当前 工作目录： 

> getwd()
[1] "D:/My Documents"

载入包： 

library(limma)
library(edgeR)

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xxxxy314
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Rstudio安装edgeR 进行差异分析
weixin_44708861的博客
11-20 5783
r语言按照edgeR包做差异分析
生信入门（二）——使用limma、Glimma和edgeR,RNA-seq数据分析
羊羊的博客
09-21 5957
生信入门（二）——使用limma、Glimma和edgeR,RNA-seq数据分析 文章目录生信入门（二）——使用limma、Glimma和edgeR,RNA-seq数据分析一、简介 一、简介 简单且高效地分析RNA 测序数据的能力是生信的核心优势之一。通常在获得RNA-seq基因表达矩阵后，通常需要对数据进行数据预处理、探索性数据分析、差异表达检验以及通路分析，以得到可以帮助进一步试验和验证研究的结果。未来几篇将介绍使用edgeR包，limma包，Glimma包对RNA-seq数据展开分析，从原始计数（c
edgeR的使用
hzau_yang的博客
09-27 3万+
edgeR包是进行RNA-seq数据分析非常常用的一个R包。该包需要输入每个基因关于每个样本的reads数的数据，每行对应一个基因，每一列对应一个样本。建议使用htseq-count进行统计，输出文件即可直接使用。如果需要算RPKM，需要自己统计基因长度信息。
差异分析(R包——DESEQ2&EDGER)
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R语言差异分析——DESEQ2&EDGER
R语言处理技巧
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转载R语言处理技巧
edger多组差异性分析_edgeR基因表达差异分析
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12-19 1705
edgeR基因表达差异分析官方文档总结==注意⚠️：== - edgeR设计用于实际读取计数。我们不建议将预测的转录本丰度输入到edgeR而不是实际计数中。读取read数可以使用read.table()，read.delim(),如果文件比较多，readDGE(files, columns=)来一次性读取多个文件。注意，readDGE()需要指定两列，一列用于计数，一列用于基因标识符x DGELi...
edgeR说明文档
03-11
### edgeR工具包详解 #### 一、简介 edgeR是一个强大的生物信息学软件包，主要用于分析数字基因表达（Digital Gene Expression, DGE）数据，包括RNA测序（RNA-seq）数据和微阵列（microarray）数据，用于识别差异...
edger多组差异性分析_edgeR差异基因分析的一般过程
weixin_42314192的博客
12-29 5887
基于转录组测序获得的定量表达值，识别差异表达变化的基因或其它非编码RNA分子，实际上方法还是非常多的。但就目前来看，DESeq2和edgeR是出现频率最高的两种方法了。DESeq2已经在上一篇文章中作了简介，本篇继续展示R包edgeR的差异基因分析流程。类似DESeq2，edgeR作为被广泛使用的R包，文献中经常能看到它的身影，如下举例。相关文献描述1 安装edgeRedgeR可直接使用Bioco...
差异分析流程（三）edgeR
weixin_45161743的博客
12-18 7581
1.构建DGEList对象2.TMM标准化3.估算离散值4.差异基因分析 参考链接：http://blog.sciencenet.cn/blog-3406804-1188480.html 上一文章：https://blog.csdn.net/weixin_45161743/article/details/103536340 #加载包和数据 if (!requireNamespace("Bioc...
使用edgeR进行无重复差异表达分析
xuzhougeng blog
05-04 1万+
使用edgeR进行无重复差异表达分析 写这篇文章一部分原因是填2年前的一个坑 转录组入门（7）：差异表达分析. 另一部分原因是GQ最近又在搞一波无重复的差异表达分析, 所以专门去学了edgeR 我个人是不太推荐没有重复的差异表达分析，毕竟统计学上的p值是为了证明两个样本的差异是真实存在而不是抽样误差导致, 但是你单个样本如何计算变异呢? 因此每当别人提问的时候, 我个人的建议...
转录组入门（7）：差异表达分析
weixin_34343689的博客
11-27 3737
这个步骤推荐在R里面做，载入表达矩阵，然后设置好分组信息，统一用DEseq2进行差异分析，当然也可以走走edgeR或者limma的voom流程。 基本任务是得到差异分析结果，进阶任务是比较多个差异分析结果的异同点。 目录 数据填坑 理论基础：线性模型， 设计矩阵和比较矩阵 标准化一二事 探索性分析一二事...
解决R语言中出现“could not find function vcov.”的问题
热门推荐
记录本
11-20 3万+
今天在看《R语言实战》，有一个例子用到了effects包
解决R 4.0版本包的安装错误
jyayaya的博客
07-05 7733
R 4.0.2版本edgeR包的安装 2020年6月22日，R官网发布了版本4.0.2的R软件，具体更新了什么内容，待后续挖掘。作为一名流行病与卫生统计学硕士、刚入门的R小白，比较关注的是应用问题。这不，在安装包的时候就遇到了好多问题。在此记录下我学习、使用R的艰辛之路。 之前就听前辈说，不要去贸然更新R软件，一开始用的是R 3.5.3，但后浪就是不听话呀！断断续续学习，断断续续放弃，屡战屡败，重头再来，一下子把R和RStudio最新版本的都用上了。 R版本 4.0.2 RStudio版本 1.3.9
Bioconductor软件安装与升级
R语言与生物信息学
03-17 3万+
本文已于2019.07.12按新版Bioconductor安装包BiocManager出现的问题进行更新。 1 修改安装软件源 BioConductor安装需要下载很多文件，如果不修改，程序很可能是从国外网址下载，速度较慢，修改后可加快下载和安装速度。 Debian类系统可修改 /etc/R/Rprofile.site 文件，找到respos选项修改部分，按需修改成所使用的源。例如： ...
edgeR、limma、DESeq2三种差异表达包比较（RNA-seq数据）
bioprogrammer
08-01 3万+
1. 加载R包和输入数据 rm(list = ls()) library("DESeq2") library("limma") library("edgeR") expr = read.csv("mRNA_exprSet.csv",sep = ',',header=T) head(expr) TCGA-mRNA数据链接 链接：https://pan.baidu.com/s/1b6l4qg4...
RNA Sequence Analysis in R: edgeR
chenzeyu110的博客
11-21 3605
https://web.stanford.edu/class/bios221/labs/biostrings/lab_1_biostrings.html RNA Sequence Analysis in R: edgeR The purpose of this lab is to get a better understanding of how to use the edgeR pa
edgeR/limma/DESeq2差异基因分析→ggplot2作火山图→biomaRt转换ID并注释
wangprince2017
02-26 1万+
请一定看这里：写下来只是为了记录一些自己的实践，当然如果能对你有所帮助那就更好了，欢迎大家和我交流 三者区别 三者区别 差异分析流程: 1 初始数据 2 标准化(normalization)：DESeq、TMM等 为什么要标准化？ 消除文库大小不同，测序深度对差异分析结果的影响 怎样标准化？ 找到一个能反映文库大小的因子，利用这个因子对rawdata进行标准化 3 根据模型检验求p value：泊松分布(poisson distribution)、负二项式分布(NB)等...
edgeR：差异表达基因分析工具
"edgeR是一个用于数字基因表达(Digital Gene Expression, DGE)数据分析的R包，主要用于差异表达基因分析，适用于芯片数据和RNAseq数据。它既可以处理多样本比较，也能进行单样本分析。这个软件工具的核心是基于精确...
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