集成多组学数据的机器学习在生物医学中的应用专题_多组学在医学上可以解决哪些问题-CSDN博客

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集成多组学数据的机器学习在生物医学中有着广泛的应用，主要包括疾病亚型识别、生物标志物发现、通路分析以及药物发现及其再利用等方面。对于疾病亚型识别，机器学习整合不同组学数据，开发针对个体多样性的多因素预测模型，可以显著减少需要考虑的潜在治疗组合的空间，并识别其他可能被忽视的组合。在生物标志物发现方面，机器学习用于挖掘生物标志物，这些标志物可以用于疾病的诊断、预后和预测。通路分析方面，机器学习用于分析生物分子作用机制和信号通路，从而更好地理解疾病的发生和发展机制。在药物发现及其再利用方面，机器学习进行药物重定位，基于生成对抗模型进行单细胞转录组数据深度特征提取等，以加速药物的研发过程。

集成多组学数据的机器学习在生物医学中的应用专题

机器学习及生物组学基础
学习目标：对机器学习基本概念进行介绍，让大家对机器学习基本概念有大致了解。明确机器学习方法的适用性，优势，以及局限性等

Ø 什么是机器学习

Ø 机器学习的应用实例

Ø 生物组学简介（基因组学，转录组学，蛋白组学，代谢组学）

Ø 机器学习在在多组学数据分析的应用

python语言基础
学习目标：机器学习主流实现是python语言。学习机器学习之前，有针对性的对python进行系统的学习，数据的基本处理，以方便将来开展机器学习的学习

Ø python安装与开发环境的搭建

Ø 基本数据类型、组合数据类型

Ø 机器学习在在多组学数据分析的应用

Ø 函数、列表、元组、字典、集合

Ø 控制结构、循环结构

Ø Numpy模块——矩阵的科学计算

Ø Matplotlib模块——数据处理与绘图

Ø Pandas模块——csv数据处理与分析

Ø Sklearn模块——机器学习模型基础软件包调用

案例实践教学一：案例教学一：利用Python pandas读取组学CSV数据并进行数据探索可视化分析（Exploratory data analysis,EDA）

经典机器学习模型及多组学应用
学习目标：对在多组学整合分析中最常使用的几种机器学习模型进行介绍，总结它们的优缺点及适用范围，通过动手实践快速掌握几种方法

Ø 线性模型（线性回归、梯度下降、正则化、回归的评价指标）

Ø 决策树（决策树原理、ID3算法、C4.5算法、CART算法）

Ø 支持向量机（线性支持向量机、可分、不可分支持向量机）

Ø 集成学习（AdaBoost和GBDT算法、XGBoost算法、LightGBM算法）

Ø 模型选择与性能优化（数据清洗、特征工程、数据建模）

Ø Scikit-learn机器学习库的使用

案例实践教学二：基于转录组学数据进行端到端的机器学习项目泛癌预测（数据预处理，数据建模，模型评估）

案例实践教学三：基于蛋白组学-代谢组学在COVID-19中生物标志物的发现

深度学习神经网络基础
学习目标：从零开始手动实现一个神经网络，在这一过程中对所涉及的原理进行系统讲解及实践，让大家能够更深刻的理解算法背后的原理以及实现方法，之后有利于对其他机器学习更全面快速掌握

Ø 深度学习与机器学习区别与联系

Ø Perceptron, 神经元基础

Ø 神经网络的梯度下降法与损失函数

Ø 神经网络中的前向传播与反向传播

Ø 神经网络的模型评估

Ø 超参数优化,batch size, learning rate

Ø 深度学习工具——Pytorch的使用

Ø 深度学习工具——Keras的使用

案例教学四：基于高维转录组学及手动构建神经网络进行特征筛选及预测

多组学联合分析与疾病分子机制
学习背景：研究影响疾病表型变化影响的因素包括DNA，RNA，蛋白质和代谢物等。单一组学的数据难以系统全面地解析复杂生理过程的调控机制，多组学联合分析通过对来自基因组、转录组、蛋白组、代谢组和脂质组等不同生物分子层次的批量数据进行归一化处理、比较分析和相关性分析等统计学分析，建立不同层次分子间的数据关系，从而共同探究生物体内潜在的调控网络机制，为生物体作用机制提供了更多证据。

学习目标：从常见的多组学联合分析策略出发，如转录组+代谢组，蛋白组+代谢组等，对常用的数理统计分析方法进行介绍，之后学习如何利用数据库如KEGG等进行生物功能富集分析，结合机器学习方法进行生物标志物的挖掘，疾病预测以及生物分子作用机制等。

Ø 常用生物组学实验与分析方法，如转录组学，代谢组学

Ø 常用组学数据库介绍，如TCGA,PathBank,HMDB,KEGG

Ø Python批量处理组学数据-归一化处理，差异分析，相关性分析

Ø 生物功能分析：GO 功能分析、代谢通路富集、分子互作等

Ø 基于转录组学的差异基因筛选，疾病预测

Ø 基于差异基因，联合代谢组学分析疾病分子发生机制

Ø 组学数据可视化，如火山图，t-SNE降维，代谢通路网络分析

Ø 组学特征（基因，蛋白，代谢物）选择（随机森林分析）

Ø 单细胞转录组学数据分析及可视化分析

案例教学五：（包含以下内容）

转录组+代谢组的多组学分析胃癌，实现从“因”和“果”两个层面来探究生物学问题，相互间进行验证

从海量的数据中筛选出关键基因、代谢物及代谢通路

深度解析胃癌肿瘤标志物解释肿瘤发生发展的复杂性和整体性

深度学习在多组学数据中的应用（入门与实践）
学习目标：随着高通量组学平台的发展，生物医学研究大多采取了多组学技术结合的方法，不同组学来源（如转录组学、蛋白质组学和代谢组学）的数据可以通过基于深度学习的预测算法进行整合，以揭示系统生物学的复杂工作。在这一部分我们会重点对基于深度学习的神经网络进行系统的讲解，学习常见的神经网络架构在多组学分析的应用。

Ø 深度学习介绍，常用神经网络架构介绍

Ø 监督学习介绍，神经网络在转录组学+代谢组学的疾病预测为例

Ø 无监督学习介绍，高维组学数据降维，聚类分析，以单细胞转录组数据为例

案例教学六：基于t-SNE和UMAP进行单细胞转录组学数据降维，细胞亚型聚类分析。

深度学习神经网络进阶(入门及实践)
学习目标：学习前沿神经网络如卷积神经网络，循环神经网络，注意力机制，自编码器，图神经网络在生物组学及药物筛选的应用，迁移学习应用等。

Ø 卷积神经网络基础及其应用（影像组学）

Ø 循环神经网络基础及其应用（蛋白组学）

Ø 注意力机制基础及其应用

Ø 自编码器基础及其应用（转录组学）

Ø 图神经网络基础及其应用（代谢组学）

Ø 迁移学习

Ø 深度学习框架——transformer的应用