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生物信息
yangbobor
这个作者很懒,什么都没留下…
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python中利用biopython和dssp提取pdb文件中的二级结构
以CASP11数据集为例,选取domain中的pdb数据作为转换:在python中,安装biopython包和dssp包pip3 install biopythonconda install -c salilab dssppython脚本如下,可以提取所有sequence和ss的信息到同一个文档:from Bio.PDB import DSSP, PDBParserimport osdir='/***/casp11.domains/'list=os.listdir('/***/casp原创 2020-08-19 15:45:04 · 4054 阅读 · 1 评论 -
Gromacs&g_mmpbsa安装教程
环境:linux CentOS 7.3 安装均为单机版本,默认安装,且使用二进制文件。1、下载安装cmake-3.14.1不好使用yum直接安装cmake因为yum下载的cmake版本过低,不适用于gromacs的编译cmake官网下载安装包https://cmake.org/download/# wget https://github.com/Kitware/CMake/release...原创 2019-04-11 12:11:24 · 5993 阅读 · 7 评论