python中利用biopython和dssp提取pdb文件中的二级结构

最新推荐文章于 2024-02-20 17:58:45 发布
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分类专栏： python 生物信息
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本文链接：https://blog.csdn.net/yangbobor/article/details/108102335
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本文介绍了如何在Python环境中，借助biopython和dssp库来处理CASP11数据集中的pdb文件，提取蛋白质的二级结构信息。通过安装这两个包，脚本可以将序列和二级结构数据整合到一个文件中。
摘要由CSDN通过智能技术生成

以CASP11数据集为例，选取domain中的pdb数据作为转换：
CASP11数据集
在python中，安装biopython包和dssp包

pip3 install biopython
conda install -c salilab dssp

python脚本如下，可以提取所有sequence和ss的信息到同一个文档：

from Bio.PDB import DSSP, PDBParser
import os

dir='/***/casp11.domains/'
list=os.listdir('/***/casp11.domains'
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yangbobor
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使用DSSP计算二级结构以及计算a-helix个数
weixin_39417324的博客
12-03 1678
安装DSSP使用anaconda： 解析氨基酸层面的dssp信息： 官网说明：https://osgeo.cn/biopython/Bio.PDB.DSSP.html https://www.docin.com/p-1973044677.html（这是资料来源，写的很清楚，很不错了）计算a-helix的个数：
如何统计PDB文件二级结构的多少及位置并和作图
qq_23341021的博客
04-19 1295
很多时候我们想要展示蛋白质二级结构的多少和位置，如下简单介绍了两种可以实现此要求的方法。
python读、写、拷贝等基本文件操作
liyali2020的博客
09-29 684
本篇简单介绍文件的读、写、拷问文件、修改名称、删除等基本操作。 python操作文件时，可直接open(“文件路径”,mode) open之后，需得close()。因为文件对象会占用操作系统的资源，并且操作系统同一时间能打开的文件数量也是有限的 python引入了with语句自动调用close()方法，这样可不用考虑底层的东西，只关注操作即可。 1 .文件权限 文件无外乎读r(read)和写w(write)，r和w文件指针默认都在从文件开头，故r+会在文件开头追加内容，w,w+会删除原内容。所以还有一个追加
利用Python批量处理PDB文件生成dssp文件
最新发布
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02-20 323
基于Linux系统的PDB文件转换为DSSP文件。
SecStAnT:二级结构分析工具，用于数据选择和统计-开源
04-29
SecStAnT是一种工具，用于自动从蛋白质数据库（PDB）创建具有用户定义的结构组成的结构数据集，并计算其内部变量分布。 SecStAnT能够1.根据用户指定的二级结构（基于内部PDB分类或DSSP定义）和/或序列动机从PDB数据集中选择结构。 2.建立具有不同分辨率级别的数据集（所有原子，仅骨架，仅Cα，...）3.评估内部变量的统计分布： 单一变量分布（包括与原子表示形式最相关的分布，例如PHI和PSI，以及一些用于基于Cα的表示形式的分布）b。 两个变量的相关性（包括PHI-PSI Ramachandran图及其在基于Cα的表示中的等价关系）c。 三个变量的相关性
Pthon批量处理将pdb文件生成dssp文件
09-21
- dssp（Dictionary of Protein Secondary Structure）则是一种用于解析蛋白质二级结构的工具及格式，它能够提供关于蛋白质α螺旋、β折叠等结构的信息。 - **目标**： - 开发一个Python脚本，实现自动遍历指定...
Python生物信息学②从PDB文件中提取蛋白序列
DrugAI
03-24 8565
环境 OS version : Win10 x64 python_version : Python 3.6.5 实例代码 aa_codes = { 'ALA':'A', 'CYS':'C', 'ASP':'D', 'GLU':'E', 'PHE':'F', 'GLY':'G', 'HIS':'H', 'LYS':'K', 'ILE':'I', '...
biopython中文教程
05-15
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biopandas:在熊猫DataFrames中处理分子结构
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在熊猫DataFrames中处理分子结构 链接 文档： : 源代码存储库： : PyPI： ：//pypi.python.org/pypi/biopandas 如何贡献： : //rasbt.github.io/biopandas/contributing/ 变更日志： ./ docs / sources / CHANGELOG.md 如果您是计算生物学家，则很有可能对蛋白质结构文件进行了太多次诅咒。 是的，我说的是Goode Olde蛋白质数据库格式，又名“ PDB文件”。 毫无疑问，PDB是一种结构整齐的格式（如果正确部署的话）。 但是，使用“现代”编程语言处理PDB文件有点麻烦-我很确定我们都同意这一点。 作为机器学习和“数据科学”的人，我爱上了熊猫DataFrames来处理几乎所有可以加载到内存中的内容。 那么，为什么我们不把熊猫带到结构生物学世界呢？ 在熊猫
Nothing
Mystra
03-31 1081
溶剂可及性（三）dssp和biopython
only my railgun
07-24 2666
溶剂可及性，DSSP， biopython
gromacs 中关于二级结构分析
xiaolan39的博客
06-03 2476
我们可以利用DSSP实现二级结构分析。 首先下载DSSP，然后复制到/usr/local/bin中，在环境变量中添加DSSP， gmx do_dssp -f md_center.xtc -s md.tpr -o dssp.xpm -tu ns 然后再利用xpm2ps将xpm转换为eps gmx xpm2ps -f dssp.xpm -o secondary-structure.eps 在这里可以用一个m2p 的文件把一些参数写进去，自己觉得有用 参考 参数描述 ; Command line options
python毕业设计 蛋白质二级结构预测+源代码+文档说明+论文
abc6838的博客
12-09 606
文件说明train.npy为训练集，test.npy为测试集main.py为主程序，运行它，就能得到我预设的效果，修改它就可以得到更多的功能mytools.py 为我写的工具箱，方便程序编写saved_model.h5 保存训练后的模型，方便多次训练a.yaml 保存了训练中 误差率 loss和准确率q3 随训练代数epoch的变化1.mp3 为训练完成的通知铃声。
利用python从蛋白文件中提取特定类型的原子
recher_He1107的博客
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从蛋白文件中提取某种原子并写出
Pymol & BioPython | PDB文件中氨基酸序列的提取
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11-01 1万+
1. Pymol 当前目录下有一个PDB文件，利用pymol的命令模式： pymol receptor.pdb -c -d "save receptor.fasta" 2.BioPython from Bio import PDB parser = PDB.PDBParser() structure = parser.get_structure('2FH7', '2FH7.p...
PDB文件：每个开发人员都必须知道的
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08-15 2599
PDB Files: What Every Developer Must Knowhttp://www.wintellect.com/CS/blogs/jrobbins/archive/2009/05/11/pdb-files-what-every-developer-must-know.aspx PDB文件：每个开发人员都必须知道的 一 什么是PDB文件大部分的开发人员应该都知道PDB文件是用来...
从蛋白质结构文件pdb中提取序列和骨架原子坐标
yang605439282的博客
01-19 5973
pdb文件是蛋白质结构存储的标准文件，用txt打开其主要内容如下所示 上图部分是model1下的蛋白原子分布，序号1所在列是原子序号，序号2所在列是氨基酸种类，序号3所在列是氨基酸序号，序号4所在三列是原子的三维坐标，序号5所在列是原子种类 用python实现提取序列： from Bio import PDB '''本文件用于提取单个pdb文件的氨基酸''' parser = PDB.PDBParser() io = PDB.PDBIO() fileName_save = 'HHH_b1_0
#python#生物信息学 提取文本某列信息 #提取氨基酸序列并且提取氨基酸结构序列与之对应
m0_73542388的博客
09-19 1059
#python #生物信息学
用python写一段代码，用dssp方法从pdb文件中计算蛋白质球度
03-24
以下是用Python编写的代码，使用DSSP方法从PDB文件中计算蛋白质球度： ```python import Bio.PDB import os # 设置PDB文件路径 pdb_file = "protein.pdb" # 创建PDB解析器 parser = Bio.PDB.PDBParser() # 读取PDB文件 structure = parser.get_structure("protein", pdb_file) # 创建DSSP计算器 model = structure[0] dssp = Bio.PDB.DSSP(model, pdb_file) # 计算蛋白质球度 q3 = Bio.PDB.Polypeptide.three_to_one(dssp[0][1]) for i in range(1, len(dssp)): aa = Bio.PDB.Polypeptide.three_to_one(dssp[i][1]) if aa == "X": continue q3 += aa q3 = q3.replace("G", "") q3 = q3.replace("P", "") q3 = q3.replace("A", "") q3 = q3.replace("V", "") q3 = q3.replace("L", "") q3 = q3.replace("I", "") q3 = q3.replace("M", "") q3 = q3.replace("F", "") q3 = q3.replace("Y", "") q3 = q3.replace("W", "") q3 = q3.replace("S", "C") q3 = q3.replace("T", "C") q3 = q3.replace("N", "C") q3 = q3.replace("Q", "C") q3 = q3.replace("H", "C") q3 = q3.replace("K", "C") q3 = q3.replace("R", "C") q3 = q3.replace("C", "H") q3 = q3.replace("D", "E") q3 = q3.replace("E", "E") q3 = q3.replace("B", "X") q3 = q3.replace("Z", "X") q3 = q3.replace("J", "X") q3 = q3.replace("O", "X") q3 = q3.replace("U", "X") q3 = q3.replace("X", "-") print(q3) ``` 请注意，此代码需要安装Biopython库才能运行。
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