无共晶配体蛋白与小分子的分子对接（DOCK 6.9）

1. 前言

分子对接需要定义好配体的结合口袋。上一篇教程《【殷赋云教程】含共晶配体蛋白与小分子的分子对接（DOCK 6.9）》介绍了使用共晶配体定义口袋的方法。当受体蛋白没有共晶配体时，又该怎么办呢？在这种情况下，研究者应多方收集信息，尽量从文献中、实验数据中、含有共晶配体的同源蛋白或蛋白家族的晶体结构中，获悉小分子的结合位点，一旦知道关键残基，则可直接选择残基来定位。当该方式不奏效时，可考虑使用软件预测（识别）结合位点。

本期教程讲述如何使用殷赋云平台大方案和相关小工具，实现无共晶配体的蛋白与小分子的对接计算。

2. 流程图

3. 结构信息

受体蛋白：来自Bacteroides fragilis的Putative sulfatase yidJ蛋白，uniprot AC号：Q64XZ4，PDB编号：2QZU

配体：有机小分子a和b

4. 平台操作步骤

4.1 准备结构

4.1.1 准备受体三维结构

1. 打开殷赋云平台（殷赋云 - 科研计算快易准）【处理PDB结构】小工具；

2. 输入PDB编号2QZU，点击【确定】；

   

3. 删除多余结构（水分子），保留蛋白；

1. 点击【准备】，下载文件。

4.1.2 识别结合位点

1. 打开殷赋云平台【识别结合位点】小工具；

2. 上传受体文件，点击【检测位点】；

   

3. 查看位点情况，选定合适的位点，点击【下载文件】。

   

4.1.3 准备配体三维结构

1. 打开殷赋云平台【准备化合物结构】小工具；

2. 绘制化学结构或上传分子文件；

   

3. 勾选【质子化/去质子化】，点击【准备】，下载文件。

   • 用于分子对接时，一般要勾选【质子化/去质子化】；
   • 建议更改文件名为有意义的名称。

4.2 对接计算

1. 打开殷赋云平台【蛋白/核酸/多肽-小分子对接（DOCK 6.9）】大方案，创建任务，进入提交任务页面；

2. 上传受体和配体结构文件；

   

3. 上传位点文件，点击【显示盒子】；

   稍等片刻，即返回盒子中心、盒子大小数据和图形。

   

   

4. 设置计算模式，【提交】任务。

   除非你知道为何选择其他模式，否则一律采用柔性配体对接模式。

   

4.3 结果分析

1. 待任务完成，点击【查看】，进入分析页面；

   

2. 查看对接打分，下载数据文件scores.csv；

   Grid Score：对接打分，该数值越小表示结合力越强，因此，Pose 1总是最强的。Grid Score由范德华力贡献和静电力贡献构成：Grid Score = Grid_vdw + Grid_es；

   Grid_vdw：范德华力贡献，一般表现为疏水作用、π-π堆积等非极性作用；

   Grid_es：静电力贡献，一般表现为氢键、盐桥（离子键）、π-阳离子相互作用等极性作用；

   Internal Energy：受体-配体相互作用时的内部排斥能，数值越大，排斥力越大，表明该构象越不“舒服”，但远小于Grid Score时可以忽略。该指标主要用于警示异常结果，一般不用于结合模式分析；若不确定数值是否合理，可咨询客服；

   Cluster Size：当前结果代表的簇的规模（包含多少个相似构象），无太大用途。

   

   评价对接打分的经验法则（rule of thumb）：

   • Grid Score > -40 kcal/mol，结合力较差；
   • -70 kcal/mol < Grid Score <= -40 kcal/mol，结合力中等；
   • Grid Score <= -70 kcal/mol结合力较强。

   注意：上述法则并非绝对，应以实验结果为准。

3. 查看相互作用，调整视图，点击【截图】下载图片；

   • 一般选取符合预期（比如，与某些关键氨基酸有作用）的或者含有极性作用（氢键、盐桥）较多的结果；更多详细分析，请参考《文献重现》的第7点；
   • 右侧可调整视图样式，右下角可切换化合物和构象；
   • 建议下载无标签图片（点击【残基标签】隐藏标签），再用PhotoShop加上标签。

   

4. 若有需要，提取对接构象，合成复合物结构。