多倍体中亚基因组优势的潜在机制

最近导师推荐了一篇综述 “One subgenome to rule them all: underlying mechanisms of subgenome dominance”，该文章于2020年4月发表于Current Opinion in Plant Biology ，这篇综述探讨了基因组研究和分子遗传学的一个主题问题：异源多倍体物种中亚基因组优势的潜在机制。

摘要

异源多倍体是由两个或多个二倍体祖先物种杂交形成的，通常经历了亚基因组优势（亚基因组显性），即亲本基因组（亚基因组）中的其中一个具有更高水平的基因表达，并最终比其他亚基因组有保留更多的基因。在一些异源多倍体中，基因附近的低转座因子(TE)丰度与占优势的亚基因组有关，但TEs不太可能是导致亚基因组表达优势的唯一原因。在这篇综述中，研究了TEs在亚基因组优势中的作用，并讨论了亚基因组间的遗传不亲和性如何可能有助于亚基因组优势的迅速出现。最后，强调了几个关于亚基因组优势的问题，这些问题在很大程度上仍未得到回答

什么是亚基因组优势？What is subgenome dominance?

全基因组加倍（WGD）在被子植物的进化史上十分普遍。WGD增加了一个生物体的细胞核内的基因组拷贝数。多倍体可以通过同源多倍化（由单个二倍体物种的基因组加倍而形成）或异源多倍化（由两个或多个不同的二倍体物种的基因组杂交和加倍而形成）产生。

在一个新的异源多倍体物种形成后，新的基因组不稳定，因为先前分离的每个二倍体祖先物种的基因组（称为亚基因组）必须在一个单一的细胞核中相互协调和共存。自最近的共同祖先以来，每个二倍体祖先物种的基因组可能已经进化得非常不同，包括它们的基因与基因的各种相互作用体共同进化的方式也不同。因此，新引入的异源多倍体亚基因组必须迅速解决一系列不同的潜在遗传不亲和性。

为了获得与二倍体更像的状态，多倍体基因组会经历基因丢失（或分异，fractionation）和染色体数目减少。这一过程在多倍体化后立即开始，就像在甘蓝型油菜中发现的那样，并仍以较低的速率在古老多倍体中进行，如拟南芥和玉米。在一个完全中性和随机的模型下，在一个古老的异源多倍体中，不同的亚基因组会经历相似的基因分异率（gene fractionation）。相反，以前的研究表明异源多倍体中的一个亚基因组通常比其他不占主导地位的亚基因组保留更多的基因。此外，研究还表明，与不占主导地位的亚基因组相比，占主导优势的亚基因组保留了更多的基因，整体也表现出了更高的基因表达。与不占主导优势的亚基因组相比，占主导优势的亚基因组还保留了大量的串联重复基因，并通过同源交换取代了不占主导优势的亚基因组的大部分区域。简而言之，