求GC含量（弱智法）

linux（或者用R里的linux命令行）

for file in seq2/*.fq.gz; do
filename=$(basename "$file" .fq.gz)
avg_gc=$(seqkit fx2tab $file -g --name | awk '{sum+=$2; count++} END {print sum/count}')
echo -e "$filename\t$avg_gc" > "output2/$filename.txt"
done

合并

cat output2/*.txt > combined_GC.txt

求一个样品的平均(R语言）

# 加载所需的库
library(dplyr)

# 读取数据文件
data <- read.table("combined_GC.txt", header = FALSE, sep = "\t", stringsAsFactors = FALSE)

# 提取前缀信息
data$prefix <- sub("_.*", "", data$V1)

# 按前缀分组，计算平均值
result <- data %>%
  group_by(prefix) %>%
  summarise_at(2, mean)

result$prefix <- sub("-.*", "", result$prefix)

# 将结果写入新文件
write.table(result, file = "combined_GC_output.txt", sep = "\t", row.names = FALSE, col.names = TRUE)