【Error】samtools sort: fail to open “merged.sorted.bam.tmp.1020.bam“: Too many open files

错误：samtools sort: fail to open "merged.sorted.bam.tmp.1020.bam": Too many open files

官方解答：

SamTools排序失败，当使用太多TMP文件 ·问题 #603 ·萨姆图尔/萨姆图尔 (github.com)

中文的前人笔记：

samtools sort Failed to open file问题 - 简书 (jianshu.com)

我刚开始没看懂，看懂之后总结一下。

总之，这个问题就是：

服务器中一个进程允许打开的文件数量是有限的，也即运行过程中生成的.tmp文件数是有限的，而samtools sort默认使用内存是768M（见-m参数）。

因此，当一个bam文件太大的时候，sort过程生成的文件数就会超出限制。

可以通过命令行查看ultimate -n，查看一个进程允许打开的文件数量。我用的服务器是1024个文件数，但由于我没有管理员权限，没有办法改。

所以另一个思路就是增加允许的tmp文件的大小，修改-m参数。

我自己的测试：

        -m 3G时，一个.tmp文件大约是1.1G，

        -m 4G时，一个.tmp文件大约是1.3-1.4G，

        -m 5G时，一个.tmp文件大约是1.8G。

但同时需要这个节点有足够的运行内存，否则就会出现错误如下：

samtools sort: couldn't allocate memory for bam_mem

当我的代码改成这样的时候，问题解决！

samtools sort --threads 50 -o merged.sorted.bam merged.bam -m 5G