可以在\author{}和\IEEEauthorblockA{}内使用refmark:
\IEEEauthorrefmark{1}
1也可以改成2,3,等。
这样的默认格式是星号,十字架等。如果想直接用数字,可以在前面加上
\DeclareRobustCommand*{\IEEEauthorrefmark}[1]{%
\raisebox{0pt}[0pt][0pt]{\textsuperscript{\footnotesize\ensuremath{#1}}}}
即可。