转录组数据的下载与质控

最新推荐文章于 2024-05-20 09:05:18 发布
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分类专栏： 生物信息
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转录数据的下载

软件下载

在这里我们介绍一种下载速度十分快的方法，Aspera
软件下载链接.
解压之后安装即可

查找数据及下载链接

在GEO的官网里面通过keyword或GEO Accession得到数据的BioProject
例如：RNA-Seq transcriptome profiling identifies CRISPLD2 as a glucocorticoid responsive gene that modulates cytokine function in airway smooth muscle cells.https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/24926665
根据文章中提供的id进行查找

进入GEO官网，输入文章中的id，找到BioProject PRJNA229998

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【Bioinfo Blog 006】【R Code 005】——GEO表达谱数据质控
10’s Blog
11-28 3414
数据下载及质控 GEO数据下载 GEOquery包安装 注意：需要R 4.0及以上 if (!requireNamespace("BiocManager", quietly = TRUE)) install.packages("BiocManager") BiocManager::install("GEOquery") .cel数据下载 getGEOSuppFiles("GSE65496") ## 定位到目标目录后，解压文件 untar("GSE46106_RAW.tar") 读取.c
转录组之质量控制（FastQC）[学习笔记通俗易懂版]
qq_74093550的博客
07-04 6588
FastQC是一个用于高通量序列数据的质量控制程序。FastQC可以读取并分析多种格式的序列数据，并且可以以交互的形式来检查几种不同的质量结果，或者创建一个可以集成到自动分析流程中的报告。该软件生成的结果是html格式文件，使用可以使用浏览器打开，非常便捷。
2018-6-15转录组学习1 文献阅读与数据下载
L_yivs的博客
06-15 2465
2018-6-1转录组学习1 文献阅读与数据下载 1.文献阅读 本次作业中阅读的文献为AKAP95 regulates splicing through scaffolding RNAs and RNA processing factors. Nat Commun 2016 Nov 8;7:13347. PMID: 27824034 从文献中可以得到RNA-seq数据存放在GSE8191...
转录组入门（3）：质量控制
weixin_34194359的博客
07-11 829
需要用安装好的sratoolkit把sra文件转换为fastq格式的测序文件，并且用fastqc软件测试测序文件的质量！ 作业，理解测序reads，GC含量，质量值，接头，index，fastqc的全部报告，搜索中文教程，并发在论坛上面。 数据解压 之前下载了所有的数据，但只有样本915才是mRNA-Seq测...
转录组数据分析——数据质控
Heleness的博客
05-07 916
在multiqc的下载过程中出现了一些问题，查了一下可能是python版本的问题，这里暂时略过这一部分……3.5 Per Base Sequence Content——每个碱基位置上ATGC含量分布图。理论上，G和C、A和T的含量每个测序循环上应分别相等，且整个测序过程稳定不变，呈水平线。2.3 命令写入sh脚本，使用nohup+&运行脚本 ——适用于比较长和复杂的命令。2.2 脚本后台运行：nohup &——适用于比较简单的命令。纵坐标：每个位置上每个碱基对应的Q值——画成箱式图。
转录组质控与过滤、筛细胞器基因
12-17
在进行转录组数据分析时，对原始测序数据的质量检查和过滤至关重要，因为低质量的数据可能会引入误差，影响后续的分析结果。 首先，转录组数据通常以FASTQ格式存储，这是一种包含序列信息和质量分数的文本格式。...
转录组原始数据质控与过滤·各种方法尝试
mushroom234的博客
11-25 2376
因为我是直接trinity开始的，后面面才开始补加数据前处理，毕竟都是练手所以没关系。但实际上这部分应该放在前面。下载一个基因组很小的细菌做试炼：Pelagibacter phage Greip EXVC021P
关于10X空间转录组质控分析的讨论
最新发布
weixin_53637133的博客
05-20 828
关于10X空间转录组质控分析的讨论
单细胞转录组数据质控与标准化的R语言实现
本文旨在介绍单细胞转录组数据的质控与标准化方法，重点讨论R语言在质控与标准化过程中的应用，并通过实例演示展示具体的操作步骤和结果分析。同时探讨质控与标准化方法的局限性和未来发展趋势，为单细胞转录组数据...
TBtools-生物信息分析
07-02
该软件主要用于生物信息相关分析。主要功能包括序列批量提取、转存、转录组富集分析
NCBI SRA数据库使用详解
05-02
NCBI SRA数据库使用详解
零基础入门转录组分析——第三章（质控及数据过滤）
weixin_49878699的博客
02-23 4248
零基础入门转录组分析第三章——质控及质量过滤，从实战（小鼠注射药物后的差异基因转录组分析）的角度详细展开全部内容，全文有6个部分（1. 查看原始数据 2. 质控 3. 质控进阶 4. 质控结果合并 5. 合并结果解读 6. 数据过滤）
01 转录组数据分析——Windows 10 下Linux 环境配置
qq_29224095的博客
08-27 648
linux下载sra数据库,从NCBI当中SRA数据库中下载高通量测序数据
weixin_42102713的博客
05-03 480
用别人的数据，发自己的文章由于大多数杂志在文章发表前要求公开数据，所以随着测序文章的爆发，NCBI的SRA数据库当中积累了海量的测序数据。我们可以利用这些数据重新做数据挖掘，发表新的文章。官方下载方法不太稳要利用数据，首先得下载得到数据，虽然SRA数据库提供的SRA Toolkit 工具包里的prefetch可以下载，但是用这个方法下载数据需要经过复杂的设置，而且经常莫名奇妙的下不了，总的来说体验...
转录组分析数据准备
yssxswl的博客
04-22 3233
转录组分析数据准备 在这之前，我们要明白，进行转录组分析，我们需要那些文件 测序数据 样本信息表 基因组序列(genome.fasta) 基因注释文件(genes.gtf) 蛋白序列（proteins.fasta） 其中，测序数据可以自己去公司测序，或在公开的资源网站进行下载。 样本信息表，是自己根据测序数据进行编辑。至于基因组序列，基因注释文件和蛋白序列文件，则需要自己在网上下载，今天我们就介...
RNA-seq分析：Step2（数据的下载）
沉香best的博客
08-20 3129
转录组测序原始文件和基因组数据的下载是进行转录组分析的重要步骤，本文中，以拟南芥的RNA-seq数据为例子，进行RNA原始测序数据的下载和基因组文件的下载。
使用Aspera从EBI或NCBI下载基因组数据modified
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likelet的专栏
11-26 1万+
转自：http://www.plob.org/2012/07/31/3013.html 做基因组数据分析，可能经常从NCBI的GEO/SRA或者EBI的ENA数据库下载高通量的数据，动辄几十G的数据用wget下载实在太纠结，这时就要用到神器-Aspera了。 使用Aspera，最简单的方法当然就是使用浏览器插件Aspera Connect了，跟迅雷、Flashget的用法差不多，直接单
15-有参转录组实战1-批量质控-fastp
11-25 500
8，等到html文件出来就行，这里大概用了15min，查看结果，有clean data，还有HTML的报告，报告解读主要看Q30>85%，它这个上传文件就是质控过的，所以质控前后的数据基本一致。#本教程部分参考B站15天入门生物信息教程，在开启以下教程前，请务必看看我前面两个教程，Linux系统上安装R语言（#2，对文件重命名，回看NCBI，SRR22954651- SRR22954653是野生型，另外3个就是过表达了。#1，我们对上次下载的转录组进行实战分析，首先进行质量控制，使用fastp软件。
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