使用STAR构建参考基因组并比对

使用STAR构建参考基因组

之前我们使用了hisat2构建了参考基因组序列，现在主流的软件是hisat2和STAR
于是我又跟着潘师兄的教程，来走一遍转录组，这里使用的就是STAR
在这过程中我还是碰到了许多问题和要注意的点，来看一下吧

软件安装

还是老样子，使用conda安装SATR，但是我最开始不清楚conda能不能安装STAR，于是我先看一下conda里面有没有它

conda search star
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# Name                       Version           Build  Channel
star                          2.4.0j               0  anaconda/cloud/bioconda
star                          2.4.0j               1  anaconda/cloud/bioconda
star                          2.4.2a               0  anaconda/cloud/bioconda
star                          2.5.0a               0  anaconda/cloud/bioconda
star                          2.5.0b               0  anaconda/cloud/bioconda
star                          2.5.0c               0  anaconda/cloud/bioconda
st