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原创 linux合并.gz压缩包

linux合并.gz压缩包

2024-04-11 11:23:56 196 1

原创 R中对数据框进行分组筛选输出整行

使用dplyr包

2022-10-21 15:43:45 959

原创 perl拆分一个文件为若干小文件

如下,每9000行存入一个新文件,新文件数量不限。注意1:用变量$fh作为文件句柄名,本身就能被改变,不用更多折腾了。注意2:使用变量$fh作为文件句柄进行输出(print)时,开启use strict会报错。#! /usr/bin/perluse warnings;#use strict;my $j;my $file = 1;my $fh = 'B1';open $fh, ">>", "ZmBlastIDList_1.txt" or die;while (<

2021-05-05 23:10:26 677

原创 linux批量改变文件名中的部分字母大小写

今天在wsl系统中尝试使用rename将部分文件名中的部分小写字母改为大写字母,但直接修改时一直失败:$ rename -n 's/h2o/H2O/' *F1+h2o-0-4h-1.lsm not renamed: F1+H2O-0-4h-1.lsm already existsF1+h2o-0-4h-2.lsm not renamed: F1+H2O-0-4h-2.lsm already existsF1+h2o-MG-4h-1.lsm not renamed: F1+H2O-MG-4h-1.

2020-11-30 11:53:37 640

原创 R正则表达式中字符的转义(跳脱)

Perl风格的正则表达式:(如在sub()中)在R语言中得用两个反斜杠即 “\\”,如要匹配括号就要写成 “\\(\\)”。一个是不行的。

2019-12-18 14:17:19 1133

原创 R中根据匹配原则将一列拆分为几列

使用stringr包中的str_split_fixed函数:> head(raw) Sample A260 A2801 C-1d-1 0.39255 0.36882 S-1d-1 0.22385 0.26133 P-1d-1 0.25075 0.24984 N-1d-1 0.32495 0.31215 C-2d-1 0.43085 0.46196 S-2d-1...

2019-08-18 14:18:54 4543 2

原创 R中二进制格式包的直接安装

        今天在R中安装使用 clusterProfiler() 对小麦差异蛋白进行GO注释时,运行library(clusterProfiler)反复提示缺少"DO.db"、"GO.db"、“bindrcpp”等包,以及“R6”包版本太低等问题,其中"DO.db"、"GO.db"可以通过BiocManager进行安装:&gt; if (!requireNamespace("BiocM...

2019-02-17 17:25:31 6024

原创 从fasta文件中筛选序列并输出

参考网上资源,得到两种实现方式:1. 参考https://stackoverflow.com/questions/34495490/extract-specific-fasta-sequences-from-a-file-using-perl?r=SearchResults#! /usr/bin/perluse strict;use warnings;open A_SPEC, $...

2018-12-30 19:28:55 5253

原创 Perl取两组数据的并集、交集、差集等

目前自己编写和网上查阅到比较方便的三种方法。目录1. 自写脚本,较繁琐2. 来自zk1878的脚本,短小精悍3. Array::Utils包,简便4. Data::Dumper包,较简便1. 代码如下:#! /usr/bin/perluse warnings;use strict;open A, $ARGV[0] or die;open B, $ARGV[1...

2018-12-27 22:27:21 3362 1

原创 R中循环生成随机数

如下连续生成16组1:3的随机不重复整数(每次3个),存储至repl中:repl <- NULLfor(x in 1:16) {repl <- c(repl, sample(1:3, 3, replace = F))}

2018-10-27 22:49:22 3984 1

转载 均数间的多重比较的方法的选择【转载】

1、如两个均数的比较是独立的,或者虽有多个样本的均数,但事先已计划好要做某几对均数的比较,则不管方差分析的结果如何,均应进行比较,一般采用LSD法或Bonferroni法;2、如果事先未计划进行多重比较,在方差分析得到有统计意义的F检验值后,可以利用多重比较进行探索性分析,此时比较方法的选择要根据研究目的和样本的性质。比如,需要进行多个实验组和一个对照组比较时,可采用Dunnett法;如需要进

2017-12-23 13:39:29 11544

原创 R中列表元素的访问与修改

今天有这样一个列表,各元素均为一维向量,但不等长:>head(mix1_integ_list1)[[1]][1] ""            "24.79854965" "25.4642601"  "29.56749916" "26.34864998" "25.11140633"[[2]][1] ""            "27.93592644" "27.48092651" "29.71414

2017-10-31 18:33:16 6828 1

原创 perl利用字符串中的数字进行排序

使用Sort::Naturally模块进行排序用法: use Sort::Naturally; @them = nsort(qw( foo12a foo12z foo13a foo 14 9x foo12 fooa foolio Foolio Foo12a )); print join(' ', @them), "\n";Prints: 9x 14 foo fooa foolio

2017-10-31 18:33:13 1091

原创 安装ViennaRNA的perl模块

这两天安装ViennaRNA的perl模块(在interface的perl目录)时着实遇到了很大的问题。首先运行(./configure)的功能(不要指定--prefix,否则会与cpan中指定的路径冲突):$ perl Makefile.PL输出如下内容:Generating a Unix-style Makefile.perlWriting Makefile.perl for RNAWriti

2017-10-31 18:33:10 1635

原创 linux合并两个文本文件

合并1,2到3:cat 1 2 >> 3追加1到2cat 1 >> 2

2017-10-31 18:33:08 15096 4

原创 非root用户安装perl模块

目标将模块安装在可写入的家目录下。参见http://search.cpan.org/~haarg/local-lib-2.000004/lib/local/lib.pm1.  安装local::lib模块,解压local::lib包后,进入该目录,输入并运行命令:perl Makefile.PL --bootstrap       而后开始安装:makemake testmake instal

2017-10-31 18:33:05 2611

原创 R中 %in% 运算符取反

原先:x %in% y取反:!(x %in% y)注意非符号“!”位于整个语句之前,而非%in%之前。

2017-10-29 16:16:55 17175 2

idle_fingers_modified.rstheme

我的Rstudio主题,改编自idle_fingers.rstheme,废了不少事。

2019-04-19

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