峪石-CSDN博客

如下，每9000行存入一个新文件，新文件数量不限。注意1：用变量$fh作为文件句柄名，本身就能被改变，不用更多折腾了。注意2：使用变量$fh作为文件句柄进行输出（print）时，开启use strict会报错。#! /usr/bin/perluse warnings;#use strict;my $j;my $file = 1;my $fh = 'B1';open $fh, ">>", "ZmBlastIDList_1.txt" or die;while (<

2021-05-05 23:10:26 677

原创 linux批量改变文件名中的部分字母大小写

今天在wsl系统中尝试使用rename将部分文件名中的部分小写字母改为大写字母，但直接修改时一直失败：$ rename -n 's/h2o/H2O/' *F1+h2o-0-4h-1.lsm not renamed: F1+H2O-0-4h-1.lsm already existsF1+h2o-0-4h-2.lsm not renamed: F1+H2O-0-4h-2.lsm already existsF1+h2o-MG-4h-1.lsm not renamed: F1+H2O-MG-4h-1.

2020-11-30 11:53:37 642

原创 R正则表达式中字符的转义（跳脱）

Perl风格的正则表达式：（如在sub()中）在R语言中得用两个反斜杠即 “\\”，如要匹配括号就要写成 “\$\$”。一个是不行的。

2019-12-18 14:17:19 1133

原创 R中根据匹配原则将一列拆分为几列

使用stringr包中的str_split_fixed函数：> head(raw) Sample A260 A2801 C-1d-1 0.39255 0.36882 S-1d-1 0.22385 0.26133 P-1d-1 0.25075 0.24984 N-1d-1 0.32495 0.31215 C-2d-1 0.43085 0.46196 S-2d-1...

2019-08-18 14:18:54 4543 2

原创 R中二进制格式包的直接安装

今天在R中安装使用 clusterProfiler() 对小麦差异蛋白进行GO注释时，运行library(clusterProfiler)反复提示缺少"DO.db"、"GO.db"、“bindrcpp”等包，以及“R6”包版本太低等问题，其中"DO.db"、"GO.db"可以通过BiocManager进行安装：> if (!requireNamespace("BiocM...

2019-02-17 17:25:31 6035

原创从fasta文件中筛选序列并输出

参考网上资源，得到两种实现方式：1. 参考https://stackoverflow.com/questions/34495490/extract-specific-fasta-sequences-from-a-file-using-perl?r=SearchResults#! /usr/bin/perluse strict;use warnings;open A_SPEC, $...

2018-12-30 19:28:55 5253

原创 Perl取两组数据的并集、交集、差集等

目前自己编写和网上查阅到比较方便的三种方法。目录1. 自写脚本，较繁琐2. 来自zk1878的脚本，短小精悍3. Array::Utils包，简便4. Data::Dumper包，较简便1. 代码如下：#! /usr/bin/perluse warnings;use strict;open A, $ARGV[0] or die;open B, $ARGV[1...

2018-12-27 22:27:21 3362 1

原创 R中循环生成随机数

如下连续生成16组1:3的随机不重复整数（每次3个），存储至repl中：repl <- NULLfor(x in 1:16) {repl <- c(repl, sample(1:3, 3, replace = F))}

2018-10-27 22:49:22 3984 1

转载均数间的多重比较的方法的选择【转载】

1、如两个均数的比较是独立的，或者虽有多个样本的均数，但事先已计划好要做某几对均数的比较，则不管方差分析的结果如何，均应进行比较，一般采用LSD法或Bonferroni法；2、如果事先未计划进行多重比较，在方差分析得到有统计意义的F检验值后，可以利用多重比较进行探索性分析，此时比较方法的选择要根据研究目的和样本的性质。比如，需要进行多个实验组和一个对照组比较时，可采用Dunnett法；如需要进

2017-12-23 13:39:29 11545

原创 R中列表元素的访问与修改

今天有这样一个列表，各元素均为一维向量，但不等长：>head(mix1_integ_list1)[[1]][1] "" "24.79854965" "25.4642601" "29.56749916" "26.34864998" "25.11140633"[[2]][1] "" "27.93592644" "27.48092651" "29.71414

2017-10-31 18:33:16 6830 1

原创 perl利用字符串中的数字进行排序

使用Sort::Naturally模块进行排序用法： use Sort::Naturally; @them = nsort(qw( foo12a foo12z foo13a foo 14 9x foo12 fooa foolio Foolio Foo12a )); print join(' ', @them), "\n";Prints: 9x 14 foo fooa foolio

2017-10-31 18:33:13 1091

原创安装ViennaRNA的perl模块

这两天安装ViennaRNA的perl模块（在interface的perl目录）时着实遇到了很大的问题。首先运行（./configure）的功能（不要指定--prefix，否则会与cpan中指定的路径冲突）：$ perl Makefile.PL输出如下内容：Generating a Unix-style Makefile.perlWriting Makefile.perl for RNAWriti

2017-10-31 18:33:10 1635

原创 linux合并两个文本文件

合并1,2到3：cat 1 2 >> 3追加1到2cat 1 >> 2

2017-10-31 18:33:08 15097 4

原创非root用户安装perl模块

目标将模块安装在可写入的家目录下。参见http://search.cpan.org/~haarg/local-lib-2.000004/lib/local/lib.pm1. 安装local::lib模块，解压local::lib包后，进入该目录，输入并运行命令：perl Makefile.PL --bootstrap 而后开始安装：makemake testmake instal

2017-10-31 18:33:05 2611

原创 R中 %in% 运算符取反

原先：x %in% y取反：!(x %in% y)注意非符号“!”位于整个语句之前，而非%in%之前。

2017-10-29 16:16:55 17186 2

yuehedou的博客

原创 linux合并.gz压缩包

原创 R中对数据框进行分组筛选输出整行

原创 perl拆分一个文件为若干小文件