从fasta文件中筛选序列并输出

参考网上资源，得到两种实现方式：

1. 参考https://stackoverflow.com/questions/34495490/extract-specific-fasta-sequences-from-a-file-using-perl?r=SearchResults

#! /usr/bin/perl
use strict;
use warnings;

open A_SPEC, $ARGV[0] or die;
open DATA, $ARGV[1] or die;

my %list;
while (<A_SPEC>) {
	chomp;
	$list{$_}++;
	}

my $select;
while (<DATA>) {
	if (/^>(\S+)/) {
	$select = exists $list{$1} ? 1 : 0;
	}
	print $_ if $select;
}

2. 前边读取列表方式一样，参考http://blog.sina.com.cn/s/blog_7d001f3d0101nw69.html

#! /usr/bin/perl
use strict;
use warnings;

open A_SPEC, $ARGV[0] or die;
open DATA, $ARGV[1] or die;

my %list;
while (<A_SPEC>) {
	chomp;
	$list{$_}++;
	}

# 把默认的行间隔符号"\n"改为">";那么每个里面，读进来的一行数据是比如 "seq1\nATCGAGCDGACGTACG>"
local $/ = ">";	 # $/在perl中是输入记录分隔符，影响perl对"行"的理解。默认是换行符"\n".也可以定义为其他的内容

<DATA>; # 跳过首行

while (<DATA>) {
	chomp;
	/^(\S+)/;
	if (exists $list{$1}) {
	print ">$_";}
	}

$/ = "\n";

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