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molecular dynamics 相关软件安装
文章平均质量分 60
雪里红妆
这个作者很懒,什么都没留下…
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VMD - VisualMolecularDynamic 的编译安装
VMD Visual Molecular Dynamic 下载地址:http://www.ks.uiuc.edu/Research/vmd/下载时需要注册 1. 将下载的tar.gz包解压至主文件下 , ~/vmd 2. 编辑configure文件,修改文件的开头部分(或者保持默认) 版本更新时应安装在新文件转载 2014-07-03 16:07:27 · 840 阅读 · 0 评论 -
GNU+Openmpi 并行编译CPMD3.15.3 (gcc/gfortran 4.4 + openmpi + atlas/fftw3)
转载自:http://hi.baidu.com/xijunw/item/1db8690fb3dfb7dd72e67686【摘要】首先把Ubuntu12.04默认的gcc4.6降到gcc4.4; 安装atlas/fftw数学库; 安装openmpi; 用“LINUX-x86_64-FEDORA-MPI” 配置Makefile文件,然后编译即可;可以用dev-test-suite来测试转载 2014-07-03 16:09:07 · 1349 阅读 · 0 评论 -
Packmol 的安装
packmol可用于将单个分子复制扩展成多个分子构成的团簇或体系,生成用于分子模拟的.pdb ,.XYZ,.mol2等文件下载地址:http://www.ime.unicamp.br/~martinez/packmol/网站上有详细的使用方法简介安装方法1. 将下载的packmol.tar.gz 解压到 ~/packmol 下2. 执行./conf转载 2014-07-03 16:07:01 · 4353 阅读 · 0 评论 -
GNU系统下DL_POLY的编译
下载地址http://www.stfc.ac.uk/CSE/randd/ccg/software/DL_POLY/25526.aspx 下载需要注册,按照邮件中的方法进行解压 串行版本的编译 1.将build文件夹下的makefile_SLR1重命名为makefile复制到source文件夹下 2.转载 2014-07-03 16:13:33 · 540 阅读 · 0 评论 -
gromacs编译安装
gromacs是一款优秀的分子动力学模拟软件,版本已更新至4.6.3 。版本的更新无疑会带来效率的提升,然而,新版本对系统和编译器都有着更高的要求。对于一台运行已久的老服务器,没有权限的情况下基本不可能更新系统和编译器,这时候就需要另外安装较新版本的编译器来编译安装gromacs,Intel就是一个很好的选择。下面我就自己多次的编译安装经验,叙述一下gromacs的安装过程和注意事项。系统现状转载 2014-07-04 20:09:23 · 2578 阅读 · 0 评论 -
Gromacs安装&使用
Gromacs是良好大分子分子动力学模拟软件 ,鉴于当前网络上关于此软件的使用说明及介绍很少,对于象我这样的初学者来说,有很大困难,所以根据我十天以来的安装和使用体会,借着酒劲写下以下的东西,为以后使用这个软件的同学创造一点点的便利。当前网上能够搜索到的关于Gromacs安装的说明不外乎两篇中文指南,因为Gromacs是在Linux系统下安装使用的,所以这两篇文件中都需要设计 修改一些命令,这转载 2014-07-04 20:07:21 · 20159 阅读 · 2 评论 -
Lammps的安装
Lammps版本升级较快,各种版本安装过程大致相同,可根据不同版本微调。一、lammps非并行安装(单机版)1、解压lammps数据包: gunzip lamps.tar.gztar xvf lamps.tar为方便可以将解压得到的lammps重命名mv lammps-1May10 lmp 2、cd ~/lmp/src/STUBS转载 2014-07-04 20:01:27 · 5720 阅读 · 2 评论 -
Gromacs-4.6.2安装过程
Gromacs从4.6version开始就不再支持原有的configure创建Makefile的编译方法,转而全面使用cmake的编译方法。此方法相较原来的方法在编译过程更方便和快捷。这里把编译4.6.2的执行脚本贴给大家参考。我这里使用的编译器是GNU 4.1.2 | openmpi 1.6 | fftw 3.2.2 | cmake 2.8.11.1首先如果你的linux上的 cm转载 2014-07-04 20:12:46 · 1849 阅读 · 1 评论 -
ubuntu下Gromacs的安装
虽然网上有很多关于Linux安装的文档。但是为了以后安装的方便,还是决定把自己在ubuntu11.10下面安装Gromacs的步骤记录如下:1. 下载并安装fftw:(1)下载网址:www.fftw.org(2)解压:tar xzvf fftw-xxx.tar.gz(3)安装 a.安装单精度fftw cd ~/fftw.xxx (转到解压出来转载 2014-07-04 20:11:04 · 6400 阅读 · 1 评论