1. 下载并安装fftw:
(1)下载网址:www.fftw.org
(2)解压:tar xzvf fftw-xxx.tar.gz
(3)安装
2.安装Gromacs
至此,单机版的Gromacs安装完成,键入“g_luck"命令检验是否安装成功。
下面将安装并行版的Gromacs.
(1)准备工作:
a.安装gcc: sudo apt-get install gcc (这一步可以省略,一般ubuntu是包含gcc的,如果你的机子没有,请按此安装)
b.安装g++: sudo apt-get install g++
c. 安装gfortran: sudo apt-get install fort77。
(以上三个软件是为了安装下面的lam-mpi)
d. 安装lam-mpi:
下载:wget http://www.lam-mpi.org/download/files/lam-7.1.4.tar.bz2
解压:tar xvjf lam-7.1.4.tar.bz2
安装: cd lam-7.1.4
至此,安装并行版Gromacs的准备工作已完成。返回gromacs的解压目录: cd ../gromacs-xxx
(2) 安装并行版Gromacs
至此,默认路径下安装单机和并行Gromacs的工作已完成。如果不知在默认路径下安装,则需要另外设置环境变量,具体请参考:http://www.gromacs.org/Downloads/Installation_Instructions 和 http://md.chem.rug.nl/~mdcourse/nerd.html。
要想运行并行mdrun,需按如下命令执行:
$usr/local/lam714/lamboot
$usr/local/lam714/bin/mpirun -np 4 mdrun_mpi -s topol.tpr -c -g -e -x -o -cpi -append -cpo
$usr/local/lam714/lamhalt