Lammps的安装

Lammps版本升级较快，各种版本安装过程大致相同，可根据不同版本微调。

一、lammps非并行安装（单机版）

1、解压lammps数据包： 

gunzip lamps.tar.gz

tar xvf lamps.tar

为方便可以将解压得到的lammps重命名

mv lammps-1May10  lmp

 

2、cd ~/lmp/src/STUBS

make clean

make

 

3、cd  ~/lmp/src/MAKE

vi Makefile.serial 

出现的当前部分，需修改部分已用红色标出（如果机器安装了g++4则无需修改）：

# g++ = RedHat Linux box, g++4, gfortran, no MPI,no FFT
       SHELL = /bin/sh
       # ---------------------------------------------------------------------
       # compiler/linker settings
       # specify flags and libraries needed for your compiler
       CC =                      g++4        g++4该为g++
       CCFLAGS =          -g -O
       DEPFLAGS =        -M
       LINK =                   g++4         g++4该为g++
       LINKFLAGS =       -g -O
       LIB =           
       ARCHIVE =           ar
       ARFLAGS =          -rc
       SIZE =                   size
       # --------------------------------------------------------------------

 

存档，退出。

 

4、cd ~/lmp/src

make clean-all

make serial

 

linux开始编译，完成后在当前/src下生成lmp_serial的可执行文件（绿色）

可运行。（运行方法：./lmp_serial<in.lmp）

 

二、lammps并行安装

1、解压lammps数据包： 

gunzip lamps.tar.gz

tar xvf lamps.tar

为方便可以将解压得到的lammps重命名

mv lammps-1May10  lmp

 

2、并行安装需要fftw、mpich库，较新的版本又添加了可选择库jpeg 库。

通常的并行计算linux机器都会安装fftw和mpich库（jpeg库可不用选择），若没有安装，可按附录中的方法自行安装。

假如以上库都已经安装，下面进入lammps的并行安装过程（以Makefile.g++为例）：

cd ~/lmp/src/MAKE

vi Makefile.g++

需要修改的部分如下（红色标出）：

 

第一部分：

# g++ = RedHat Linux box, g++4, MPICH2, FFTW

SHELL = /bin/sh

# ---------------------------------------------------------------------

# compiler/linker settings

# specify flags and libraries needed for your compiler

CC =                 g++4        g++4改为mpic++

CCFLAGS =      -g -O # -Wunused

DEPFLAGS =    -M

LINK =               g++4        g++4改为mpic++

LINKFLAGS =    -g -O
       LIB =           
       ARCHIVE = ar
       ARFLAGS = -rc
       SIZE =  size

# ---------------------------------------------------------------------

 

第二部分：

# MPI library, REQUIRED
       # see discussion in doc/Section_start.html#2_2 (step 5)
       # can point to dummy MPI library in src/STUBS as in Makefile.serial
       # INC = path for mpi.h, MPI compiler settings
       # PATH = path for MPI library
       # LIB = name of MPI library

MPI_INC =       -I/opt/mpich/include    -DMPICH_SKIP_MPICXX    #安装的mpich的mpi.h头文件的路径，需核对改成自己的路径。

MPI_PATH =   -L/opt/mpich/lib                                                       #安装的mpich的mpich.a库的路径，需核对改成自己的路径。

MPI_LIB =       -lmpich -lpthread

 

第三部分：

# FFT library, can be -DFFT_NONE if not using PPPM from KSPACE package

# INC = -DFFT_FFTW, -DFFT_INTEL, -DFFT_NONE, etc, FFT compiler settings

# PATH = path for FFT library

# LIB = name of FFT library

FFT_INC =       -I/opt/fftw/include    -DFFT_FFTW

FFT_PATH =   -L/opt/fftw/lib

FFT_LIB =       -lfftw

 

（第四部分可选：新版本中有jpeg库的调用，建议不调用，即把下处注释掉；如果调用，方法同上述两个库的调用类同

# LAMMPS ifdef options, see doc/Section_start.html

LMP_INC = -DLAMMPS_GZIP   # -DLAMMPS_JPEG ）

 

3、关于各种package的选择与安装（可选，非必须）：

（1）添加或者删除某个/些package采用这些命令（含义见manual）：

make yes-***, make no-***, make yes-standard, make no-standard, make yes-user, make no-user, make yes-all, make no-all"

如果有添加或删除package的动作，则自动修改src/Makefile.package文件，并在编译时候调用。

（2）几个特殊的package的安装如下:poems, meam, reax

cd ~/lmp/lib/poems

make –f Makefile.g++

cd ~/lmp/lib/meam

make –f Makefile.gfortran   (安装meam)

cd /mnt/lmp/lib/reax

make –f Makefile.gfortran

注意，meam和reax这两个package的源文件是用Fortran写的。为避免两种代码之间的调用不出现麻烦，需要修改Makefile中的

meam_SYSLIB，reax_SYSLIB，meam_SYSPATH，reax_SYSPATH等几行，如下：

# additional system libraries needed by LAMMPS package libraries

# these settings are IGNORED if the corresponding LAMMPS package

#   (e.g. gpu, meam) is NOT included in the LAMMPS build

# SYSLIB = names of libraries

# SYSPATH = paths of libraries

gpu_SYSLIB =         -lcudart

meam_SYSLIB =      -lifcore -lsvml -lompstub -limf -lmeam –lgfortran

reax_SYSLIB =         -lifcore -lsvml -lompstub -limf -lreax –lgfortran

user-atc_SYSLIB =  -lblas -llapack

gpu_SYSPATH =     -L/usr/local/cuda/lib64

meam_SYSPATH =  -L/opt/lmp/lib/meam    #核对修改为自己的路径

reax_SYSPATH =     -L/opt/lmp/lib/reax

user-atc_SYSPATH =  

（4）如要添加USER-ATC，则编译LAMMPS之前到/lib/atc/目录中编译该package，并修改相应的Makefile文件中的user-atc_SYSLIB和

user-atc_SYSPATH两行。

（5）如果要添加GPU，则需要系统安装NVIDIA Cuda相关工具，并在/lib/gpu/目录中编译，同时需要修改Makefile文件中的gpu_SYSLIB

和gpu_SYSPATH两行（manual 2.8）。

 

4、  cd ~/lmp/src

make clean-all

make g++    

lammps开始安装，最后在当前目录下可生成lmp_g++的可执行文件（绿色)。

可运行。

 

附录：1、fftw的安装（记得下载fftw-2.1.5版本）

gunzip fftw-2.1.5.tar.gz

tar xvf fftw-2.1.5.tar

cd ~/fftw-2.1.5

./configure -prefix=/opt/fftw -enable -float

make

make install   (fftw-2.1.5即安装在/opt/fftw下)

 

2、mpich的安装

gunzip mpich2-1.3.1.tar.gz

tar xvf mpich2-1.3.1.tar

cd ~/mpich2-1.3.1

./configure -prefix=/opt/mpich

make

make install   (mpich即安装在/opt/mpich下)

 

然后配置环境变量

cd

vi  .bashrc

开始编译为

expot  PATH=/opt/mpich/bin:$PATH

export LD_LIBRARY_PATH=/opt/mpich/lib:/opt/fftw/lib:$LD_LIBRARY_PATH