MaxCompute Mars 完全指南

阿里云云栖号

于 2020-05-15 20:05:13 发布

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Mars 简介

Mars 能利用并行和分布式技术，加速 Python 数据科学栈，包括 numpy、pandas 和 scikit-learn。同时，也能轻松与 TensorFlow、PyTorch 和 XGBoost 集成。

Mars tensor 的接口和 numpy 保持一致，但支持大规模高维数组。样例代码如下。

import mars.tensor as mt

a = mt.random.rand(10000, 50)
b = mt.random.rand(50, 5000)
a.dot(b).execute()

Mars DataFrame 接口和 pandas 保持一致，但可以支撑大规模数据处理和分析。样例代码如下。

import mars.dataframe as md                                                                                       

ratings = md.read_csv('Downloads/ml-20m/ratings.csv') 
movies = md.read_csv('Downloads/ml-20m/movies.csv') 
movie_rating = ratings.groupby('movieId', as_index=False).agg({'rating': 'mean'}) 
result = movie_rating.merge(movies[['movieId', 'title']], on='movieId') 
result.sort_values(by='rating', ascending=False).execute()

Mars learn 保持和 scikit-learn 接口一致。样例代码如下。

import mars.dataframe as md
from mars.learn.neighbors import NearestNeighbors

df = md.read_csv('data.csv') 
nn = NearestNeighbors(n_neighbors=10)
nn.fit(df)
neighbors = nn.kneighbors(df).fetch()

Mars learn 可以很方便地与 TensorFlow、PyTorch 和 XGBoost 集成，点击链接查看文档。

在 MaxCompute 上使用 Mars，我们提供了简单易用的接口来拉起 Mars 集群，用户不需要关心安装和维护集群。同时，通过 MaxCompute 拉起的 Mars，也支持直接读写 MaxCompute 表。

申请试用

目前我们采用申请开通的方式，公共云用户请提工单申请。

环境准备

要在 MaxCompute 上运行 Mars，需要有相应的运行环境。这可以分为如下几种情况。

开箱即用的环境，如 dataworks，会包含所需要的依赖。
其他环境，需要自己安装相关依赖。

我们分别展开。

开箱即用的环境

开箱即用的环境，如 dataworks 的 pyodps3 节点，已经包含了 PyODPS 和 Mars。

在新建的 pyodps3 节点里运行如下命令检查版本，确保满足要求。

from odps import __version__ as odps_version
from mars import __version__ as mars_version

print(odps_version)
print(mars_version)

输出的第一个为 PyODPS 版本，第二个为 Mars 版本。要求 PyODPS 至少是 0.9.0 。

其他环境

这个环境就要求通过 pip 安装 PyODPS 和 Mars。Python 版本推荐使用 3.7 版本，至少需要是 3.5 版本。

通过如下命令安装：

pip install -U pip  # 可选，确保 pip 版本足够新
pip install pyarrow==0.12.1  # 目前 pyarrow 版本固定到 0.12.1
pip install pyodps>0.9.0  # pyodps 需要至少 0.9.0
pip install pymars>=0.4.0rc1  # mars 版本需要至少是 0.4.0rc1

准备 ODPS 入口

ODPS 入口是 MaxCompute 所有操作的基础：

对于开箱即用的环境，如 dataworks，我们会自动创建 o 即 ODPS 入口实例，因此可以不需要创建。
对于其他环境，需要通过 access_id、access_key 等参数创建，详细参考文档。

基本概念

MaxCompute 任务实例：MaxCompute 上任务以 instance 概念存在。Mars 集群也是通过一个 MaxCompute Instance 拉起。
Logview 地址：每个 MaxCompute instance 包含一个 logview 地址来查看任务状态。拉起 Mars 集群的 instance 也不例外。
Mars UI: Mars 集群拉起后，会包含一个 Web UI，通过这个 Web UI，可以查看 Mars 集群、任务状态，可以提交任务。当集群拉起后，一般来说就不需要和 MaxCompute 任务实例交互了。
Mars session：Mars session 和具体的执行有关，一般情况下用户不需要关心 session，因为会包含默认的 session。通过 o.create_mars_cluster 创建了 Mars 集群后，会创建默认连接到 Mars 集群的 session。
Jupyter Notebook：Jupyter Notebook 是一个基于网页的用于交互式计算的应用程序，可以用来开发、文档编写、运行代码和展示结果。

基础用法

创建 Mars 集群

准备好环境后，接着我们就可以拉起 Mars 集群了。

有了 o 这个对象后，拉起 Mars 集群非常简单，只需要运行如下代码。

from odps import options
options.verbose = True  # 在 dataworks pyodps3 里已经设置，所以不需要前两行代码
client = o.create_mars_cluster(5, 4, 16, min_worker_num=3)

这个例子里指定了 worker 数量为 5 的集群，每个 worker 是4核、16G 内存的配置，min_worker_num 指当 worker 已经起了3个后，就可以返回 client 对象了，而不用等全部 5 个 worker 都启动再返回。Mars 集群的创建过程可能比较慢，需要耐心等待。

注意：申请的单个 worker 内存需大于 1G，CPU 核数和内存的最佳比例为 1：4，例如单 worker 4核、16G。同时，新建的 worker 个数也不要超过 30 个，否则会对镜像服务器造成压力，如果需要使用超过 30 个 worker，请工单申请。

这个过程中会打印 MaxCompute instance 的 logview、 Mars UI 以及 Notebook 地址。Mars UI 可以用来连接 Mars 集群，亦可以用来查看集群、任务状态。

Mars 集群的创建就是一个 MaxCompute 任务，因此也有 instance id、logview 等 MaxCompute 通用的概念。

提交作业

Mars 集群创建的时候会设置默认 session，通过 .execute() 执行时任务会被自动提交到集群。

import mars.dataframe as md
import mars.tensor as mt

md.DataFrame(mt.random.rand(10, 3)).execute()  # execute 自动提交任务到创建的集群

停止并释放集群

目前一个 Mars 集群超过3天就会被自动释放。当 Mars 集群不再需要使用时，也可以通过调用 client.stop_server() 手动释放：

client.stop_server()

MaxCompute 表读写支持

Mars 可以直读和直写 MaxCompute 表。

读表

通过 o.to_mars_dataframe 来读取 MaxCompute 表，并返回 Mars DataFrame。

In [1]: df = o.to_mars_dataframe('test_mars')
In [2]: df.head(6).execute()
Out[2]: 
       col1  col2
0        0    0
1        0    1
2        0    2
3        1    0
4        1    1
5        1    2

写表

通过 o.persist_mars_dataframe(df, 'table_name') 将 Mars DataFrame 保存成 MaxCompute 表。

In [3]: df = o.to_mars_dataframe('test_mars')
In [4]: df2 = df + 1
In [5]: o.persist_mars_dataframe(df2, 'test_mars_persist')  # 保存 Mars DataFrame
In [6]: o.get_table('test_mars_persist').to_df().head(6)  # 通过 PyODPS DataFrame 查看数据
       col1  col2
0        1    1
1        1    2
2        1    3
3        2    1
4        2    2
5        2    3

使用 Mars 集群自带的 Jupyter Notebook

创建 Mars 集群会自动创建一个 Jupyter Notebook 以编写代码。

新建一个 Notebook 会自动设置 session，提交任务到集群。因此在这个 notebook 内也不需要显示创建 session。

import mars.dataframe as md

md.DataFrame(mt.random.rand(10, 3)).sum().execute() # 在 notebook 里运行，execute 自动提交到当前集群

有一点要注意：这个 notebook 不会保存你的 notebook 文件，所以要记得自行保存。

用户也可以使用自己的 notebook 连接到集群，此时参考使用已经创建的 Mars 集群章节。

其他用法

使用已经创建的 Mars 集群

首先，我们可以通过 instance id 重建 Mars 集群的 client。

client = o.create_mars_cluster(instance_id=**instance-id**)

如果只是想使用 Mars，可以使用 Mars session 来连接。给定 Mars UI 的地址。则：

from mars.session import new_session
new_session('**Mars UI address**').as_default() # 设置为默认 session

获取 Mars UI 地址

Mars 集群创建的时候指定了 options.verbose=True 会打印 Mars UI 地址。

也可以通过 client.endpoint 来获取 Mars UI。

print(client.endpoint)

获取 Logview 地址

创建集群的时候指定了 options.verbose=True 会自动打印 logview。

也可以通过 client.get_logview_address() 获取 logview 地址。

print(client.get_logview_address())

获取 Jupyter Notebook 地址

Mars 集群创建的时候指定了 options.verbose=True 会打印 Jupyter Notebook 地址。

也可以通过 client.get_notebook_endpoint() 获取 Jupyter Notebook 地址。

print(client.get_notebook_endpoint())

Mars 和 PyODPS DataFrame 对比

有同学会问，Mars 和 PyODPS DataFrame 有什么区别呢？

API

Mars DataFrame 的接口完全兼容 pandas。除了 DataFrame，Mars tensor 兼容 numpy，Mars learn 兼容 scikit-learn。

而 PyODPS 只有 DataFrame 接口，和 pandas 的接口存在着很多不同。

索引

Mars DataFrame 有 pandas 索引的概念。

In [1]: import mars.dataframe as md

In [5]: import mars.tensor as mt

In [7]: df = md.DataFrame(mt.random.rand(10, 3), index=md.date_range('2020-5-1', periods=10))      

In [9]: df.loc['2020-5'].execute()                                                                 
Out[9]: 
                   0         1         2
2020-05-01  0.061912  0.507101  0.372242
2020-05-02  0.833663  0.818519  0.943887
2020-05-03  0.579214  0.573056  0.319786
2020-05-04  0.476143  0.245831  0.434038
2020-05-05  0.444866  0.465851  0.445263
2020-05-06  0.654311  0.972639  0.443985
2020-05-07  0.276574  0.096421  0.264799
2020-05-08  0.106188  0.921479  0.202131
2020-05-09  0.281736  0.465473  0.003585
2020-05-10  0.400000  0.451150  0.956905

PyODPS 里没有索引的概念，因此跟索引有关的操作全部都不支持。

数据顺序

Mars DataFrame 一旦创建，保证顺序，因此一些时序操作比如 shift，以及向前向后填空值如ffill、bfill ，只有 Mars DataFrame 支持。

In [3]: df = md.DataFrame([[1, None], [None, 1]])                                                  

In [4]: df.execute()                                                                               
Out[4]: 
     0    1
0  1.0  NaN
1  NaN  1.0

In [5]: df.ffill().execute() # 空值用上一行的值                                                                      
Out[5]: 
     0    1
0  1.0  NaN
1  1.0  1.0

PyODPS 由于背后使用 MaxCompute 计算和存储数据，而 MaxCompute 并不保证数据顺序，所以这些操作在 MaxCompute 上都无法支持。

执行层

PyODPS 本身只是个客户端，不包含任何服务端部分。PyODPS DataFrame 在真正执行时，会将计算编译到 MaxCompute SQL 执行。因此，PyODPS DataFrame 支持的操作，取决于 MaxCompute SQL 本身。此外，每一次调用 execute 方法时，会提交一次 MaxCompute 作业，需要在集群内调度。

Mars 本身包含客户端和分布式执行层。通过调用 o.create_mars_cluster ，会在 MaxCompute 内部拉起 Mars 集群，一旦 Mars 集群拉起，后续的交互就直接和 Mars 集群进行。计算会直接提交到这个集群，调度开销极小。在数据规模不是特别大的时候，Mars 应更有优势。

使用场景指引

有同学会关心，何时使用 Mars，何时使用 PyODPS DataFrame？我们分别阐述。

适合 Mars 的使用场景。

如果你经常使用 PyODPS DataFrame 的 to_pandas() 方法，将 PyODPS DataFrame 转成 pandas DataFrame，推荐使用 Mars DataFrame。
Mars DataFrame 目标是完全兼容 pandas 的接口以及行为，如果你熟悉 pandas 的接口，而不愿意学习 PyODPS DataFrame 的接口，那么使用 Mars。
Mars DataFrame 因为兼容 pandas 的行为，因此如下的特性如果你需要用到，那么使用 Mars。
- Mars DataFrame 包含行和列索引，如果需要使用索引，使用 Mars。
- Mars DataFrame 创建后会保证顺序，通过 iloc 等接口可以获取某个偏移的数据。如 df.iloc[10] 可以获取第10行数据。此外，如 df.shift() 、df.ffill() 等需要有保证顺序特性的接口也在 Mars DataFrame 里得到了实现，有这方面的需求可以使用 Mars。
Mars 还包含 Mars tensor 来并行和分布式化 Numpy，以及 Mars learn 来并行和分布式化 scikit-learn、以及支持在 Mars 集群里分布式运行 TensorFlow、PyTorch 和 XGBoost。有这方面的需求使用 Mars。
Mars 集群一旦创建，后续不再需要通过 MaxCompute 调度，任务可以直接提交到 Mars 集群执行；此外，Mars 对于中小型任务（数据量 T 级别以下），会有较好的性能。这些情况可以使用 Mars。

适合 PyODPS DataFrame 的使用场景

PyODPS DataFrame 会把 DataFrame 任务编译成 MaxCompute SQL 执行，如果希望依托 MaxCompute 调度任务，使用 PyODPS DataFrame。
PyODPS DataFrame 会编译任务到 MaxCompute 执行，由于 MaxCompute 相当稳定，而 Mars 相对比较新，如果对稳定性有很高要求，那么使用 PyODPS DataFrame。
数据量特别大（T 级别以上），使用 PyODPS DataFrame。

Mars 参考文档

Mars 开源地址：https://github.com/mars-project/mars
Mars 文档：https://docs.pymars.org/zh_CN/latest/
Mars 团队专栏：https://zhuanlan.zhihu.com/mars-project

技术支持

技术支持请加 PyODPS 钉钉群：11701793

FAQ

Q：一个用户创建的 Mars 集群，别人能不能用。

A：可以，参考使用已经创建的 Mars 集群章节。

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MaxCompute Mars 完全指南

Mars 简介Mars 能利用并行和分布式技术，加速 Python 数据科学栈，包括numpy、pandas和scikit-learn。同时，也能轻松与 TensorFlow、PyTorch 和 XGBoost 集成。Mars tensor的接口和 numpy 保持一致，但支持大规模高维数组。样例代码如下。import mars.tensor as mta = mt.random.rand(10000, 50)b = mt.random.rand(50, 5000)a.dot(...
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