诺禾--分子生物学常用小软件分享

分子克隆相关

1. PCR 引物设计-Primer Primer

Primer Premier 是一款由加拿大的 Premier 公司开发的专业用于 PCR 或测序引物以及杂交探针的设计、评估的软件。其主要界面是分为序列编辑窗口（Genetank），引物设计窗口（Primer Design），酶切分析窗口（Restriction Sites）和 Motif 分析窗口。

图1 primer-design

Primer Premier 软件的主要功能分四种：引物设计、限制性内切酶位点分析、DNA 基元（motif）查找和同源性分析功能。此外，该软件还有一些特殊功能：简并引物设计，序列”朗读”、DNA 与蛋白序列的互换、语音提示键盘输入等等。

目前最常用的版本是 Primer Primer5.0，新版已更新到6.24且更加智能。其实小编也只是用过比较常规的模板，比如常规 PCR 引物设计。更多的功能还希望同学们多多留言与我一起分享心得。

在这里推荐几个常用的引物设计网站：
① Primer3/Primer3Plus — 使用广泛、操作简单
http://bioinfo.ut.ee/primer3/
② Primer-BLAST — NCBI 的引物设计和特异性检验工具
https://www.ncbi.nlm.nih.gov/tools/primer-blast/
用于在线设计聚合酶链反应（PCR）的特异性寡核苷酸引物，这个工具同时兼具了Primer3 和 NCBI 的 Blast 功能。
③ GeneFisher — 简并引物的设计工具
http://bibiserv.techfak.uni-bielefeld.de/genefisher2/

引物设计的注意事项
① 引