AFEchidna示例8--固定效应显著性检验

更新:2022-03-01th

之前,由于代码bug问题,固定效应结果在AFEchidna里未能显示。现已纠正,不过,固定效应是通过较粗放的卡方检验,结果会稍差异于ASReml。即便如此,对于学术研究,也已足够。

简单示例如下:

HT <- echidna(fixed = height ~ 1+Prov, 
             random = ~ Female+Block+Female:Block, 
             residual=~units,
             es0.file = 'pine_provenance.es0' )

通过原先的wald()函数可以获取Echidna报告的原始结果:

> wald(HT)
			Wald F statistics
Source of Variation           NumDF     DenDF     F-inc     F-con    P-inc 
 mu                               1       5.7   3566.99   3567.31    <.001
 Prov                             3      32.0     10.01     10.01    <.001

基于上述结果,编写新函数waldT()进行卡方检验,结果如下

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