更新:2022-03-01th
之前,由于代码bug问题,固定效应结果在AFEchidna里未能显示。现已纠正,不过,固定效应是通过较粗放的卡方检验,结果会稍差异于ASReml。即便如此,对于学术研究,也已足够。
简单示例如下:
HT <- echidna(fixed = height ~ 1+Prov,
random = ~ Female+Block+Female:Block,
residual=~units,
es0.file = 'pine_provenance.es0' )
通过原先的wald()函数可以获取Echidna报告的原始结果:
> wald(HT)
Wald F statistics
Source of Variation NumDF DenDF F-inc F-con P-inc
mu 1 5.7 3566.99 3567.31 <.001
Prov 3 32.0 10.01 10.01 <.001
基于上述结果,编写新函数waldT()进行卡方检验,结果如下