《动植物育种遗传数据分析》之AFEchidna篇--第4章

引子： 本人于2019年主译出版的《动植物育种遗传数据分析》，原书主要使用ASReml进行分析。本博客将陆续演示使用AFEchidna包达到类似ASReml的结果。

第4章的代码如下：

library(AFEchidna)
### chapter 4 Breeding Values
m1<-echidna(height~1+Prov,
           random=~Female*Block,
           es0.file="pine_provenance.es0")
Var(m1)
pin(m1,mulp=c(Va~4*V3,
              VP~V1+V3+V4,
              H2i~4*V3/(V1+V3+V4)))

## Variation Among Family Means
pin(m1,mulp=c(VP.fm~V1/(5*5.2)+V3+V4/5,
              H2.fs~V3/(V1/(5*5.2)+V3+V4/5)))

## Within-Family Variation
pin(m1,mulp=c(VP.wf~V1*(5*5.2-1)/(5*5.2)+V4*