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原创 提取区间内的基因

1、创建区间文件 regions.bed。id 带有gene_id和引号,需要替换。2、bedtools 提取区间内信息。

2024-07-24 09:14:58 132 1

原创 处理野生小麦组织的表达矩阵

原始文件:153个SRA文件一、从SRA到fastaqfor f in $path/ERR*;do echo $fdone

2022-04-12 12:06:17 548

原创 WGCNA

WGCNA分析,简单全面的最新教程 - 简书 (jianshu.com)https://www.jianshu.com/p/e9cc3f43441d一文看懂WGCNA 分析(2019更新版) - 云+社区 - 腾讯云 (tencent.com)https://cloud.tencent.com/developer/article/1516749安装WGCNA编辑包出现如下问题怎么解决? - 组学大讲堂问答社区 (omicsclass.com)https://www.omicsclass.com/q.

2022-03-10 22:05:56 651

原创 利用python提取基因cDNA长度,exon数量,pep长度和PI

gff是以 "\t" 为分隔符的存储9列信息的文本文件,格式如下:chr1H PGSBv2.28112019 gene 222337 227461 3053.527 + . ID=Horvu_AKASHIN_1H01G000500;OGID=OG0028375;AHRD Description=Fatty acyl-CoA reductase;AHRD Quality Score=3;TE-related=0;PFAM ID=PF03015,PF0

2022-02-25 20:19:26 2614

原创 如何实现每行最后一个指定字符转换

如有以下414.txt文件shdgaghds_ghsdfak_fgs_1hdgfajfdg_SDa_sDFD_dFA21SADHFJ_SA_Dfsd_zxcv_2_1jasdbja_DS_FvadvF_dfvE_dvdsahh_Vae_zxva_dv_12_dvadsahfa_agf_veqr_afd如何实现将最后一个“_”替换为“ ”cat 414.txt | while read line; do left=${line##*_}; right=${line%_*}; echo

2021-12-21 12:42:07 221

原创 从SRA下载数据

搜索有关大麦的所有数据,点击send to ,输出File,在csv文件中筛选目标的seq找到项目ID或者study accession,在SRA Explorer中搜索,下载目标项目的脚本一般选择Bash script for downloading FastaQ files,直接下载即可需要使用curl软件#!/usr/bin/env bashcurl -L ftp://ftp.sra.ebi.ac.uk/vol1/fastq/SRR144/099/SRR144670...

2021-12-07 20:36:27 878 1

空空如也

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