从SRA下载数据

 搜索有关大麦的所有数据，点击send to ，输出File，在csv文件中筛选目标的seq

找到项目ID或者study accession，在SRA Explorer中搜索，下载目标项目的脚本

 

一般选择Bash script for downloading FastaQ files，直接下载即可

需要使用curl软件

#!/usr/bin/env bash
curl -L ftp://ftp.sra.ebi.ac.uk/vol1/fastq/SRR144/099/SRR14467099/SRR14467099_1.fastq.gz -o SRR14467099_GSM5285861_Sample4_MOCK_Norman_96_hr_Replicate_1_M-N-96-1_Hordeum_vulgare_RNA-Seq_1.fastq.gz
curl -L ftp://ftp.sra.ebi.ac.uk/vol1/fastq/SRR144/099/SRR14467099/SRR14467099_2.fastq.gz -o SRR14467099_GSM5285861_Sample4_MOCK_Norman_96_hr_Replicate_1_M-N-96-1_Hordeum_vulgare_RNA-Seq_2.fastq.gz
curl -L ftp://ftp.sra.ebi.ac.uk/vol1/fastq/SRR144/000/SRR14467100/SRR14467100_1.fastq.gz -o SRR14467100_GSM5285862_Sample5_MOCK_Norman_72_hr_Replicate_2_M-N-72-2_Hordeum_vulgare_RNA-Seq_1.fastq.gz
curl -L ftp://ftp.sra.ebi.ac.uk/vol1/fastq/SRR144/000/SRR14467100/SRR14467100_2.fastq.gz -o SRR14467100_GSM5285862_Sample5_MOCK_Norman_72_hr_Replicate_2_M-N-72-2_Hordeum_vulgare_RNA-Seq_2.fastq.gz
curl -L ftp://ftp.sra.ebi.ac.uk/vol1/fastq/SRR144/096/SRR14467096/SRR14467096_1.fastq.gz -o SRR14467096_GSM5285858_Sample1_MOCK_Norman_72_hr_Replicate_1_M-N-72-1_Hordeum_vulgare_RNA-Seq_1.fastq.gz

有些服务器访问不了外网，会显示 无法解析主机地址

上面的情况也有可能是域名解析出了问题，可以更改DNS来解决，即：

vim /etc/resolv.conf


#假设以下为resolv.conf文件
#/bin/bash
nameserver 8.8.8.8
nameserver 8.8.4.4

服务器上关于用nohup提交任务:

nohup bash xx.sh &    #后台提交bash脚本
jobs                  #查看任务
kill -9 ???(任务号)    #删掉任务
ps -ef | grep <程序名> #查看任务状态
ps -ef | grep python   #查看后台python运行状态