盘点安装fastStructure走过的坑-CSDN博客

本文链接：https://blog.csdn.net/zaprily/article/details/123387351

本文详细介绍了在非root账户下Linux系统中安装fastStructure遇到的问题及解决方案，包括推荐使用conda创建虚拟环境、区分pygsl与gsl的区别、处理编译错误以及解决运行时问题。提供了解决python2与python3语法不兼容、gsl库安装及环境变量配置等关键步骤。

摘要由CSDN通过智能技术生成

先放上fastStructure 网址
熟悉生信分析应该都知道admixture，就是做群体层次分析的一个软件，fastStructure基本上对标的是Ad的两大功能：未知的个体群体分层分析，有监督的群体分层分析.
由于Ad是已经打包好的所以直接调用就很方便，但是由于fastStructure是在Cython和gsl之上的就很容易安装报错，一般就是两大方向的错误，文件路径没调整对，还有就是安装版本的问题，如果用root账户安装的一般来说路径问题比较少，基本就按照软件给出的README.md安装就可以，这里主要是盘点非root账户下linux上安装的问题。

1. 推荐虚拟环境

第一个就是推荐conda直接建立虚拟环境，无论是不是root账户，这个都非常好用，单独为生信分析建立一个虚拟环境，或者需要比较特别的环境软件很需要。
代码如下：

$conda create -n your_env_name python=x.x

关于安装python的哪个版本，这里都可以，fastStructure应该是用python2 编写的所以应该是python2 好用一点，但是python2不兼容一些版本可能一些依赖包会有问题。
python3 也可以使用（本坑主用的是python3），后面会介绍有针对python3和2语法不兼容问题的方法

2. pygsl 不是 gsl

最开始没细看软件安装依赖包的要求，也没用过这个函数库，就本能的认为两个是一个东西，打算pip暴力安装。pygsl是一个调出python与gsl接口的依赖包，但是gsl是完全独立的函数库，这个软件就是要求安装gsl，最好不要试着安装pygsl，感觉这个依赖包可能还有不完善的地方，坑主起码花了一晚上处理pygsl安装过程中出现的问题，主要集中在对gsl库调用的问题上和swig的调用上。
说回gsl，这个库如果root安装就非常方便，基本上sudo一下就行，附上官网上的：

    tar -zxvf gsl-latest.tar.gz
    cd gsl-1.16
    ./configure
    make
    sudo make install
    cd ..
    sudo rm -R gsl-latest.tar.gz gsl-1.16

如果非root安装

tar -zxvf gsl-latest.tar.gz
cd gsl
./configure --prefix=/path/to/bin
make  --prefix=