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RSS订阅原创 所见所想随笔2
人生可以失败无数次，但绝不要被打倒我喜欢很多美好的东西，喜欢到想要变成他们，从风景到植物、动物，他们让我感到放松与快乐，是一种纯粹的美好。星空，我表白过无数次的神秘的动态世界，不管过了多久，依然会为了找到一颗明亮的星，知道一个星座的位置，一些漂亮的图案，甚至是一抬头就能见到的北斗七星而欢呼雀跃。不厌其烦的寻找北极星的位置。小时候是觉的星星好看，也是因为一个好朋友很喜欢他们，现在却成了我一个人的坚守。科研真的是让我又爱又恨，我绝大多数的情绪变化都是因为它。别人评价我说，抗压能力太差，只适合活在顺境中。
2021-06-22 10:22:07
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原创 所见所闻随笔1
随着时间的流逝，我们慢慢的长大，还真是越长大越孤独，你很难找到有相同兴趣爱好的人。当你兴高采烈的去和别人分享你发现的感兴趣的事物时，很少会得到你所期待的反馈。所以，博客是一个很好的分享的平台。...
2021-06-16 16:43:35
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原创 2021-04-14
R ggplot数据抖动首先，我们先来画一个图：ggplot(data = mpg) +geom_point(mapping = aes(x = displ, y = hwy, color = class))虽然数据集中有 234 个观测值，但散点图中只显示了 126 个点？这是因为有一些点重合了，这个问题称为过绘制。点的这种排列方式很难看出数据的聚集模式，为了更加清晰的帮助我们观测数据，理解数据，数据抖动就可以派上用场了。通过将位置调整方式设为“抖动”，可以避免这种网格化排列。 positio
2021-04-14 20:17:48
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原创 2021-04-14
ggplot中几何对象和统计变换对应表绘图时用来计算新数据的算法称为 stat（statistical transformation， 统计变换）。统计变换可以生成新的变量并在图形中展示。通过查看 stat 参数的默认值，你可以知道几何对象函数使用了哪种统计变换。例如， ?geom_bar 显示出 stat 的默认值是 count，这说明 geom_bar() 使用 stat_count() 函数进行统计变换。 stat_count() 在文档中与 geom_bar() 位于同一页，如果继续向下看
2021-04-14 19:45:36
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转载 2020-09-11
xargs 是给命令传递参数的一个过滤器，也是组合多个命令的一个工具。xargs 可以将管道或标准输入（stdin）数据转换成命令行参数，也能够从文件的输出中读取数据。xargs 也可以将单行或多行文本输入转换为其他格式，例如多行变单行，单行变多行。xargs 默认的命令是 echo，这意味着通过管道传递给 xargs 的输入将会包含换行和空白，不过通过 xargs 的处理，换行和空白将被空格取代。xargs 是一个强有力的命令，它能够捕获一个命令的输出，然后传递给另外一个命令。之所以能
2020-09-11 15:56:27
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转载 NGS数据过滤之trimmomatic
NGS 原始数据过滤对后续分析至关重要，去除一些无用的序列也可以提高后续分析的准确率和效率。Trimmomatic 是一个功能强大的数据过滤软件。Trimmomatic 介绍Trimmomatic 发表的文章至今已被引用了 2810 次，是一个广受欢迎的 Illumina 平台数据过滤工具。其他平台的数据例如 Iron torrent ，PGM 测序数据可以用 fastx_toolkit 、NGSQC toolkit 来过滤。Trimmomatic 支持多线程，处理数据速度快，主要用来去除 Il
2020-09-07 19:47:56
2020
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原创 Linux后台运行命令的方法
Linux后台运行命令的方法1、nohup用法：nohup command &#这种是最基础的后台运行的命令,一般会默认生成一个nohup.out的日志文件，存储运行过程。如果没有放个后台的话是会直接在控制台打印出来的。当然，有的命令不会记录过程，也就没有这个日志文件。如果要指定日志文件的名字的话，运行下面的命令即可：myout.file就是文件名nohup command > myout.file 2>&1 &当command中也有一个 “>”
2020-08-13 23:31:08
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原创 GATK BaseRecalibrator报错”The contig order in dbsnp_138.hg38.vcf and reference is not the same“
GATK BaseRecalibrator报错”The contig order in dbsnp_138.hg38.vcf and reference is not the same“首先，用 picard 中的SortVcf将dbsnp_138.hg38.vcf根据参考基因组排序picard SortVcf -I dbsnp_138.hg38.dic.vcf -O order_dbsnp_138.hg38.vcf -SEQUENCE_DICTIONARY hg38.dict 如果报错为“java
2020-08-12 19:45:18
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原创 BWA处理WES文件
BWA处理WES文件的用法及注意事项1. 构建索引bwa index -a bwtsw hg38.fa构建索引时需要注意的问题：bwa构建索引有两种算法，两种算法都是基于BWT的，这两种算法通过参数-a is 和-a bwtsw进行选择。其中-a bwtsw对于短的参考序列是不工作的，必须要大于等于10Mb；-a is是默认参数，这个参数不适用于大的参考序列，必须要小于等于2G。整个过程会得到5个文件hg38.fasta.amb、hg38.fasta.ann、hg38.fasta.bwt、hg38
2020-08-03 10:59:05
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原创 下载GATK中存储的snp vcf文件
下载GATK中存储的snp vcf文件写这篇文章的目的是为了以后不迷路，哈哈。我可以花了很长时间二次查找。GATK是我们在找somatic snp时经常会用到的工具，它可以对可能存在小插入或者缺失的位点进行重新排列和校准!GATK里存储了很多版本的vcf文件以下载hg38版本为例网址为ftp://ftp.broadinstitute.org/bundle/hg38/我们可以在服务器上直接下载wget -b -c ftp://gsapubftp-anonymous@ftp.broadinsti
2020-08-01 20:01:49
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原创 单细胞文章解读——用单细胞RNA测序技术分析与肿瘤转移相关的细胞间通讯
题目：Analysis of Single-Cell RNA-Seq Identifies Cell-Cell Communication Associated with Tumor Characteristics
2020-04-21 23:07:14
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原创 单细胞文章解读——使用单细胞RNA测序识别人乳房上皮细胞的细胞多样性
Profiling human breast epithelial cells using single cell RNA sequencing identifies cell diversity
2020-04-17 00:14:04
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