BWA处理WES文件

BWA处理WES文件的用法及注意事项

1. 构建索引

bwa index -a bwtsw hg38.fa

构建索引时需要注意的问题：bwa构建索引有两种算法，两种算法都是基于BWT的，这两种算法通过参数-a is 和-a bwtsw进行选择。其中-a bwtsw对于短的参考序列是不工作的，必须要大于等于10Mb；-a is是默认参数，这个参数不适用于大的参考序列，必须要小于等于2G。
整个过程会得到5个文件hg38.fasta.amb、hg38.fasta.ann、hg38.fasta.bwt、hg38.fasta.pac、hg38.fasta.sa
耗费时间较长，可以放到回台运行

nohup  bwa index -a bwtsw hg38.fa &

2. 比对

比对时，用mem算法进行比对

bwa mem -t 4 -M -R '@RG\tID:SRR3023080\tSM:SRR3023080\tPL:Illumina'  索引路径/索引前缀 SRR3023080_1.fastq.gz SRR3023080_2.fastq.gz >SRR3023080.sam 

-t参数，线程数；-R参数（-R ‘’，引号一定要加，不加会报错的，这都是我踩过的坑啊）：设置reads标头，“\t”分割；M——将较短的split hits标记为secondary，与picard兼容；后边跟参考基因组（一定要给前缀）、reads文件和>以及要生成的sam文件。（如果GATK call SNP 必须用-r 参数）
得到sam文件后，用samtools工具转成bam文件，bam文件是sam文件的二进制格式，占的内存小。

samtools view -b -S SRR3023080.sam > SRR3023080.bam

参考链接：https://www.jianshu.com/p/f6da985913c4
参考链接：https://www.plob.org/article/7009.html
参考链接：https://www.bioinfo-scrounger.com/archives/181/