使用螺旋桨PaddleHelix完成RNA结构预测竞赛的前置基础知识整理

最新推荐文章于 2023-10-20 09:30:01 发布

Mr.郑先生_

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分类专栏： PaddlePaddle python 人工智能文章标签：飞桨 PaddlePaddle RNA LinearPartition LinearFold

本文链接：https://blog.csdn.net/zbp_12138/article/details/111719320

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在解决RNA结构预测这个世界级难题之前，首先要做的是搞懂分子生物学相关知识以及RNA的二级结构

本文内容基于官方提供的RNA二级结构讲义：

中国大学MOOC上武汉大学的分子生物学课程Molecular Biology：

以及知网查阅的论文：

我在以上四篇文献以及中国大学MOOC的课程基础上结合自己的理解对RNA的基础知识做了整理，欢迎各位读者一起交流讨论~

一、化学与遗传学——从孟德尔的豌豆说起

孟德尔从豌豆杂交实验结果，得出了相对性状中存在着显性基因和隐性基因的原理。

基因概念是孟德尔在推想中提出来的，虽然当时他并没有提出“基因”这个科学名词。孟德尔认为遗传单位（基因）具有高度的稳定性，一个显性基因和它相对的隐性基因在一起的时候，彼此都具有稳定性，不会改变性质。

弱化学键对生物体至关重要，部分原因是因为弱化学键能在细胞的生理条件下形成和断裂，一个最简单的例子是DNA的复制，DNA的复制过程中，其两条链是要分开的，分开以后才能作为模板进行DNA复制，分开过程其实就是弱化学键氢键的断裂过程，在子代DNA合成过程中，氢键又会形成。

20世纪30年代，遗传学家就开始推测什么样的分子可能具有基因所需要的稳定性，同时又有为进化提供基础的长久的、突发的突变形式

该实验证明了S型细菌中含有一种转化因子，将R型细菌转化成了S型细菌，当时得出的实验结论是DNA可能是关键的遗传物质。实际上，转化因子就是DNA，但是当时并没有提出DNA这个名词

RNA和DNA一样，也是由各种核苷酸通过3′，5′-磷酸二酯键连接构成的多核苷酸链，但与DNA有一些差异。

RNA的碱基主要有4种，即A（腺嘌呤）、G（鸟嘌呤）、C（胞嘧啶)、U(尿嘧啶)，其中，U（尿嘧啶）取代了DNA中的T(胸腺嘧啶)。

典型碱基对有：

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