在使用smoove的merge一步中遇到了IOError: [Errno 2] No such file or directory: '-r'问题,文在出现在isort中,并且我发现smoove是整合了svtools来merge不同个体vcf文件的,因此我尝试利用conda来更新svtools版本,以前版本0.1.1,更新完为0.4.0。
更新完再次运行merge命令就可以正常运行啦
smoove merge --name merged -f $refenrence *.genotyped.vcf.gz