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使用smoove中遇到IOError: [Errno 2] No such file or directory: ‘-r‘
在使用smoove的merge一步中遇到了IOError: [Errno 2] No such file or directory: '-r'问题,文在出现在isort中,并且我发现smoove是整合了svtools来merge不同个体vcf文件的,因此我尝试利用conda来更新svtools版本,以前版本0.1.1,更新完为0.4.0。更新完再次运行merge命令就可以正常运行啦。原创 2023-10-13 23:54:44 · 81 阅读 · 0 评论 -
安装vcflib时出现的问题
这个问题在安装vcftools和bcftools遇到过,所以轻松解决了,从env中按以下路径找到libtabixpp.so.1,然后通过ln -s创建名为libtabixxp.so.0的软连接。由于要使用vcffilter过滤SV的genotype,所以安装了vcffliter。2:删除前面安装的vcflib,重新使用conda 安装vcflib(1.0.3)conda安装vcflib的版本为1.0.9,发现有人说降低版本可以规避这个问题。终于成功安装了vcflib了。然后进入github查看。原创 2023-11-04 01:16:24 · 207 阅读 · 1 评论 -
如何利用conda使用多个版本的python,并配置lumpy软件
有时候安装软件真的比使用软件花费的时间更长,希望大家能一秒安装好软件。原创 2023-09-26 02:21:59 · 282 阅读 · 0 评论