由于要使用vcffilter过滤SV的genotype,所以安装了vcffliter。安装时遇到了两个问题:
1:使用conda 安装vcflib
conda create -n vcflib vcflib
conda activate vcflib
发现了第一个问题,然后进入github查看vcfuniq: symbol lookup error: lib/libvcflib.so.1: undefined symbol: wavefront_align · Issue #556 · tseemann/snippy (github.com)https://github.com/tseemann/snippy/issues/556conda安装vcflib的版本为1.0.9,发现有人说降低版本可以规避这个问题
2:删除前面安装的vcflib,重新使用conda 安装vcflib(1.0.3)
conda create -n vcflib vcflib=1.0.3
conda activate vcflib
发现第二个问题
这个问题在安装vcftools和bcftools遇到过,所以轻松解决了,从env中按以下路径找到libtabixpp.so.1,然后通过ln -s创建名为libtabixxp.so.0的软连接
终于成功安装了vcflib了