SMURF流程之q2-sidle（－）及Qiime2安装加速

本文链接：https://blog.csdn.net/zd200572/article/details/113092972

该博客介绍了如何利用conda安装qiime2-2020.11版本和q2-sidle插件进行16S rRNA数据处理。首先激活环境，然后从指定镜像源下载并安装配置文件。接着，安装相关插件和依赖，如dask, regex, xmltodict等，并通过qiime进行数据库准备和序列过滤。博客内容包括序列数量检查、去除简并序列和无门或界信息的物种，以优化数据库。

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前面说到Science封面文章用的16S数据分析流程有qiime2的插件版本，可以解决基于matlab MCR standalone版本的报错，于是实践一下！https://github.com/jwdebelius/q2-sidle
conda的安装就不表了，教程挺多的。

环境准备

安装qiime2-2020.11
作者说只测试了兼容这个版本，于是就装这个啦！

# 激活环境
source ~/data_home/Miniconda3/bin/activate
# 下载配置文件
wget https://data.qiime2.org/distro/core/qiime2-2020.11-py36-linux-conda.yml
# 修改配置为镜像，加速下载和安装，这里用的是北外的,conda的配置也要同样的镜像，防止冲突
vi qiime2-2020.11-py36-linux-conda.yml
# channels:
  - qiime2/label/r2020.11
  - https://mirrors.bfsu.edu.cn/anaconda/cloud/conda-forge
  - https://mirrors.bfsu.edu.cn/anaconda/cloud/bioconda
  - defaults
# 安装
conda env create -n qiime2-2020.11 --file qiime2-2020.11-py36-linux-conda.yml
# 激活环境
conda activate qiime2-2020.11
# 安装插件和相关依赖
conda install dask regex
conda install -c conda-forge -c bioconda -c qiime2 -c defaults xmltodict
pip install git+https://gitee.com/zd200572/RESCRIPt.git
pip install git+https://gitee.com/zd200572/q2-sidle
qiime dev refresh-cache
# 安装完成
# 数据库准备
wget https://gitee.com/zd200572/q2-sidle/raw/main/docs/tutorial_data/database.zip
unzip database.zip
cd database
# 两个文件
#　sidle-db-full-sequences.qza, 全长数据库
# sequences and sidle-db-taxonomy.qza　物种注释
# 可视化看下 5649条序列，这么少？
qiime feature-table tabulate-seqs \
 --i-data sidle-db-full-sequences.qza \
 --o-visualization sidle-db-full-sequences.qzv
# 去除序列中有过多简并的，这里是３个，９９％的标准
qiime sidle filter-degenerate-sequences \
 --i-sequences sidle-db-full-sequences.qza \
 --p-max-degen 3 \
 --o-filtered-sequences sidle-db-full-degen-filtered-sequences.qza
# 去除没有门或者界信息的物种　剩余５４００条左右
qiime taxa filter-seqs \
 --i-sequences sidle-db-full-degen-filtered-sequences.qza \
 --i-taxonomy sidle-db-taxonomy.qza \
 --p-exclude "p__;,k__;" \
 --p-mode contains \
 --o-filtered-sequences sidle-db-full-degen-filtered-phylum-def-sequences.qza

未完待续