zd200572的博客

QIIME 2 的最新版本 2024.10 已经正式发布！📅 下一个版本 QIIME 2 2025.4 计划在明年 4 月发布，敬请期待！🔧 安装指南更新：最新版本的 QIIME 2 安装指南和教程资源已经上线，快去查看如何安装吧！🐳 Docker 镜像同步上线q2-dada2stats_vizq2-statsq2-dada2q2-demuxq2-boots，让我们一起探索微生物组的奥秘！🌌🧬【QIIME 2 2024.10 版本详细更新内容】📝。

实话实说，暂时只有英伟达的GPU才能实现比较方便的基因组分析集成化解决方案，其他卡还需要努力呀，或者需要商业公司或学术团体的努力开发呀！FPGA等这种专用卡的解决方案也是有的，比如某测序仪厂家，某大厂，专门做加速方案的提供商，以及CPU加速方案提供商等。这里，就先看下普通人可及的英伟达啦，AI的普及，以及黑神话的爆火，让大家都有了相对较好的卡，有的实验室新配服务器也加装了一般的GPU算力卡，除了做AI，也可以考虑下做下加速分析啦！

分别是中国人群和东北亚人群的填充参考，测试了下，中国人群的参考注册还是相对友好的，没有像有些网站一样严格限制。东北亚的没有测试，两个数据库的特点都是包含了少数民族，研究朝鲜或蒙古族或其他民族的同学，研究的填充效果会更好，可以测试下！

Neural ADMIXTURE 是一种基于 ADMIXTURE 的无监督全局祖先推理技术。通过使用神经网络，Neural ADMIXTURE 提供高质量的祖先分配，运行时间比 ADMIX 快得多。该软件可以通过 CLI 调用，并且具有与 ADMIXTURE 类似的界面（例如，输出格式完全可互换）。虽然该软件在 CPU 和 GPU 中运行，但我们建议使用 GPU（如果可用）以利用基于神经网络的实现。

最近在qiime2论坛发现有人发布了qiime2宏基因组的教程，这里分享一下，只是alpha版本，不成熟，大家谨慎了解。qiime2的专用格式对于折腾宏基因组还是有点不妥的，个人观点，但是好在他能让分析标准化，可追溯的话，我觉得还是利大于弊的。使用 QIIME 2 进行的宏基因组学分析目前处于 alpha 版本。这意味着您生成的结果应被视为初步结果，而不是发布质量。

前段时间听说USEARCH即将开源，今天另一位小编发现GitHub上已经有开源代码了。我们随即搜索了开源版本的使用效果，发现V12版本的测试结果不尽如人意，具体详情请参阅这篇公众号文章。正当我感到失望时，浏览评论时发现了意外的惊喜——旧版本的64位已经开放下载了！于是我们决定测试一下并向大家分享使用体验，一起试试吧！

你是网络数据抓取的高手，熟练掌握 Python 编程语言，具有良好的网络编程基础，能够熟练使用网络爬虫框架，具备数据处理和分析能力，以及自我学习和解决问题的能力。然后，我们就得到了代码，当然，可能有个别报错，一般来讲对应修正下就可以啦，或者让gpt自己纠错下！Devin这个AI程序员，以及metaGPT等也做了开源的程序员，应该比这个是强大了，不管怎样，简单的代码gpt还是hold住的。这里是会报错的，以下是纠错后的代码，我觉得GPT的爬虫水平比我好啦，因为我已经好久没写啦，忘光啦！

最近朋友有个项目需要整点matlab代码，无奈自己对matlab这种工科的软件完全是外行，无奈只有求助gpt这种AI助手了。大神们告诉我们，chatgpt等的助手已经是大学实习生水平啦，通过多轮指令交互就可以让他帮你完成工作啦！所以，你只需要给他提各种要求啦，只要不是太离谱，一般情况下它会实现的，把需求说清楚，把报错给到它，哪怕是一次不正确，不要放弃，不停地告诉它错啦，它终会给你正确的处理的！这里分享下我的一个简单的测试！

于2007年开发，是一种用于细菌和古细菌基因组的蛋白质编码基因预测软件工具，Prodigal 已成为世界上最受欢迎的微生物基因预测算法之一。首字母缩略词代表karyoticenefindinggorithm。提供了“Prodigal”一词的几种定义。作者希望援引的是：**3.**丰富多彩;丰富：大自然的Prodigal资源。而不是更常见的含义（例如浪费，或“Prodigal回头”）。

亲测无需注册，可以直接下载，从一个数据测试看，数据存储在亚马逊云，下载速度还可以，6M/s的样子。Dryad 是一个开放的数据发布平台，也是一个致力于所有研究数据的开放可用性和常规重用的社区。Dryad 通过实现所有研究数据的公开发布和常规重用，推进了我们的愿景——研究数据的开放可用性和常规重用，以推动研究成果的加速发现和转化为社会利益。

都是针对IOS2的，对于游戏怀旧党，相当不错，再也不需要购买个物理的iTouch，虽然成本低到只有50块，但是电池是真的不行呀！当然，如果你是个技术党，也可以qemu进行模拟，但是我亲测失败啦！

R中有组织的 + 可重现 + 可共享的数据科学框架，Workflowr结合了编程（knitr和rmarkdown）和版本控制（通过git2r的Git）来生成一个包含时间戳记，版本控制和文档化的结果的网页。任何R用户都可以快速轻松地使用它。其设计的初衷是助研究人员以促进有效的进行项目管理，可重复性的分析，同时进行协作和对结果进行共享。

细菌性阴道病(BV)是育龄妇女常见的阴道疾病，其特点是以阴道加德纳氏菌和其他厌氧细菌(如阴道阿托巴氏菌、普雷沃氏菌等)为主的细菌取代了占主导地位的乳酸杆菌。三十年的流行病学研究报告证明，性伴侣的多样性、阴道冲洗和吸烟等是感染BV的危险因素。阴道菌群的失衡很可能是多因素的，涉及外部因素、构成阴道内源性微生物群的不同种类的细菌和宿主粘膜之间的复杂相互作用。来自比利时的科学家通过6000人的大型回顾性队列研究发现，HPV阳性患者的3年BV持续率为50.1%，而非感染者为41%。改变阴道菌群并促进局部癌变。

打印出来才发现问题所在，正数多了个空格，导致结果错误，但是单独放一行上去结果是OK的。就是这么神奇有没有，怎么解决呢，as.numeric转化成数值试试？我想用apply函数筛选一下第三列V4中的数据，用一个稍微复杂的条件，这里我简化成了是否大于0，当然，如果只是>0，太多方法可以实现了，只是复现最小错误。今天遇到了一个百思不得解的问题，记录一下，欢迎交流讨论。为了简化问题，我把数据删除到两行，并把问题最小化了。这些函数都是matrix的，首先会转换成matrix，如果有字符串首先变成字符串类型的。

发现手上的GT-740M，已经太老，算力3.0，早被pytorch抛弃，想要学习下深度学习，基于没好卡，刚好时间还有点，花了一天的时间编译了一下，发现显存是个大难题，可以把数据或模型搞小点吧！主要参考了这两个，基本上是个体力活，只按按照版本来的话是不会报错的，当然，也是挺花时间的，需要6个小时以上，i3-3120M，双核2.5G Hz的CPU。

云主机方法在云服务器平台开通一个海外的小主机，就可以愉快地下载啦！然后，再把视频搬回来，就可以愉快地看了！# 下载这个工具sudo curl -L https://yt-dl.org/downloads/latest/youtube-dl -o /usr/local/bin/youtube-dl# 给予可执行权限sudo chmod a+rx /usr/local/bin/youtube-dl# 运行youtube-dl --yes-playlist https://www.youtube

1、显示英国或者美国的地图，位置不对为了防止网络代理的影响，第一建议退出所有代理，因为地图现在默认不用谷歌，梯子基本无用了。然后在VirtualRadar增加接收器的位置，2、连接接收器失败主要是端口问题，设置为RTL-1090快捷方式中设置的相同即可，默认应该是30003，如果设置这个应该不用改的。3、设置完没反应重启软件生效参考的教程：https://www.cnblogs.com/ywsoftware/p/3684870.htmlhttps://blog.csdn.net/qq.

最近读微生态公众号中宏基因组的文章，发现阿童木写的教程，宏基因组的数据可以导入qiime2分析。于是有了发现新大陆的感觉，qiime2是一个优秀的可视化工具，有它在手，分析不愁呀，可是作者并没有给出怎样导入数据的教程，我摸索了一番，基本解决了问题，欢迎交流呀！数据是使用biobakery的流程得到的metaphlan3的结果，如下图所示：如果不清楚biobakery流程可以参考BioLink-鲍志伟的这篇:https://mp.weixin.qq.com/s/ET6Jl9kld0oHKLbK2OS-

这是《高效R语言编程》的学习笔记，前面的笔记在这里：https://blog.csdn.net/zd200572/article/details/115349366https://www.jianshu.com/p/71392ef45d01很多R语言用户并不认为自己是程序员，我也是:)，精通专业知识，理解R语言的标准数据结构，但是缺乏正规编程训练，你是这样的吗？高效编程的5个技巧1、小心，尽量不要增大向量的大小2、尽可能向量化代码3、适当时机下使用因子4、通过缓存变量避免不必要的计算5、

R启动文件每次R语言启动读入.Renviron和.Rprofile两个文件，前者主要是环境变量，程序位置和API密钥等；后者是启动进需要运行的几行R代码。启动时先找.Renviron，然后是.Rprofile，它们出现在3个目录中，安装目录（R_HOME，R.home())，家目录（HOME, Sys.getenv("HOME"))和当前工作目录（getwd())。.Renviron.Rprofile...