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python与生信
Oliver-nana
每天都比前一天更好!
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使用GDC API查询与下载数据
#以UUID为d853e541-f16a-4345-9f00-88e03c2dc0bc为例#01使用GDC API查询数据#教程网址:https://docs.gdc.cancer.gov/API/Users_Guide/Search_and_Retrieval/#1.1等效链接:https://api.gdc.cancer.gov/files/d853e541-f16a-4345-9f00...原创 2020-04-06 23:32:12 · 639 阅读 · 0 评论 -
使用gdc-client下载数据
01、下载与安装Data Transfer Tool1.1 软件下载地址:https://docs.gdc.cancer.gov/Data_Transfer_Tool/Users_Guide/Getting_Started/#downloading-the-gdc-data-transfer-tool1.2 得到压缩文件后减压,得到gdc-client.exe,注意将gdc-client.e...原创 2020-04-04 23:18:10 · 3377 阅读 · 3 评论 -
用biopython解析序列
#01 读取常见的序列文件格式(fasta,gb)from Bio import SeqIO# 读取包含单个序列 Fasta 格式文件fa_seq = SeqIO.read("bio and python练习/sequence01.fasta", "fasta")print(fa_seq)print('\n')# 逐行读取包含多个序列的 fasta 格式文件for fa in Se...原创 2020-04-02 18:39:01 · 1393 阅读 · 0 评论 -
python生物信息学数据管理_02第一个python程序
#2.2计算胰岛素序列中的氨基酸频率#2.2.2python会话示例# insulin [Homo sapiensl GI:386828# axtracted 51 amino acids of A+B chaininsulin = 'GlVEQCCTSICSLYQLENYCNFVNQHLCGSHLVEALYLVCGERGFFYTPKT'for amino_acid in "ACDEF...原创 2020-03-31 22:45:59 · 639 阅读 · 0 评论 -
pip安装biopython
前提是我已经安装了Anaconda,并将其所属文件夹命名为Anaconda2,详解链接:https://editor.csdn.net/md/?articleId=95532522。pip安装biopython的步骤如下:1、法1:点运行,输入cmd进入终端,输入d:,cd, Anaconda2\Scripts (biopython的安装路径);法2:在文件中找到Anaconda2目录下的S...原创 2020-03-31 22:03:22 · 1376 阅读 · 0 评论 -
完成基因序列(fasta格式)的提取,核苷酸计数,GC含量计算,DNA 翻译为 RNA,RNA 翻译为 蛋白质,反向序列获取的相关函数
from __future__ import division#这是计算gc含量需要的模块,需要在首行导入,否则会报错import re#04_3 DNA 翻译为 RNA时会用得着#01打开下载的文件with open('sequence01.fasta') as file: for line in file: print (line)#02把描述字段和序列分...原创 2020-03-30 23:06:01 · 2677 阅读 · 3 评论