因为当初想用rdkit生成的图去进行可视化,就去找了相关的博客去看。
RDKit | 基于RDKit绘制带原子和键的索引、注释和立体化学https://zhuanlan.zhihu.com/p/163827512。
有几个问题出现:
1:最初出现是因为rdkit的版本是2017年的,有点老,所以就新建了一个2020的rdkit版本。
https://zhuanlan.zhihu.com/p/163827512.
2:新版本可以跑通这个代码,但是就是无法生成图片。尝试了用jupyter notebook去跑,但是jupyter连接虚拟环境一直出现问题,所以就把最后生成图片的那行代码换成
SVG(d2d.GetDrawingText())换成下面这句
cairosvg.svg2png(bytestring=d2d.GetDrawingText(), write_to="test.png", scale=1.0)。
[python] CairoSVG使用教程