rdkit 内置了Draw模块,用于绘图,把一些经常用到的方法直接放在Draw下面。
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一、引入所需库
#! /usr/bin/python
# coding: utf-8
# rdkit 绘制分子【可视化分子】
from rdkit import Chem
from rdkit.Chem import AllChem
from rdkit.Chem import Draw
# from rdkit.Chem.Draw import IPythonConsole #Needed to show molecules
from rdkit.Chem.Draw.MolDrawing import MolDrawing, DrawingOptions #Only needed if modifying defaults
二、分子对象转化为图片
2.1 分子对象转图片文件函数解析
Draw.MolToFile(
mol, # mol对象
'filename.png', # 图片存储地址
size=(300, 300),
kekulize=True,
wedgeBonds=True,
imageType=None