网络药理学：13、分子动力学模拟入门、gromacs能量最小化

鸡鸭扣

已于 2024-09-13 18:48:58 修改

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分类专栏：中药网络药理学文章标签：网络药理学分子动力学模拟 gromacs

于 2024-09-10 19:40:02 首次发布

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B站：
讲的太过概论了，不适合新手上手。
在这里插入图片描述
B站：蕴含的信息太少。

这是一个用很小众的YASARA软件去做分子对接和分子动力学模拟的教程，up主全程没有废话，讲的很好。不过貌似现在这个软件能下载到的版本和视频中的有些许出入，同时并不知道是开源与否，论文是否能引用。up主评论区给的回复是可以自己做实验时用这个软件，写论文时引用别的软件或网站hhh。好处就是该软件不像mgltools和autodockvina一样吃电脑配置，cpu为4核也能跑。坏处就是它有自己的格式文件，如sce和yob，不是用的常用的pdbqt格式。
在这里插入图片描述

gromac能量最小化

运行 pdb2gmx

在终端进入包含你的PDB文件的目录，然后使用以下命令运行 pdb2gmx：

gmx pdb2gmx -f your_structure.pdb -o processed.gro -p topol.top -water spce

参数说明：
-f your_structure.pdb：输入的PDB文件。
-o processed.gro：输出的结构文件，通常为 .gro 格式。
-p topol.top：生成的拓扑文件名。
-water spce：指定使用的水模型（例如SPC/E水模型）。你可以根据需要选择不同的水模型。

选择力场

运行 pdb2gmx 后，系统会提示你选择一个力场（force field）。你会看到一个列表，选择适合你的模拟的力场（例如，CHARMM、AMBER、GROMOS等）。
力场列表如下：

 1: AMBER03 protein, nucleic AMBER94 (Duan et al., J. Comp. Chem. 24, 1999-2012, 2003)

 2: AMBER94 force field (Cornell et al., JACS 117, 5179-5197, 1995)

 3: AMBER96 protein, nucleic AMBER94 (Kollman et al., Acc. Chem. Res. 29, 461-469, 1996)

 4: AMBER99 protein, nucleic AMBER94 (Wang et al., J. Comp. Chem. 21, 1049-1074, 2000)

 5: AMBER99SB protein, nucleic AMBER94 (Hornak et al., Proteins 65, 712-725, 2006)

 6: AMBER99SB-ILDN protein, nucleic AMBER94 (Lindorff-Larsen et al., Proteins 78, 1950-58, 2010)

 7: AMBERGS force field (Garcia & Sanbonmatsu, PNAS 99, 2782-2787, 2002)

 8: CHARMM27 all-atom force field (CHARM22 plus CMAP for proteins)

 9: GROMOS96 43a1 force field

10: GROMOS96 43a2 force field (improved alkane dihedrals)

11: GROMOS96 45a3 force field (Schuler JCC 2001 22 1205)

12: GROMOS96 53a5 force field (JCC 2004 vol 25 pag 1656)

13: GROMOS96 53a6 force field (JCC 2004 vol 25 pag 1656)

14: GROMOS96 54a7 force field (Eur. Biophys. J. (2011), 40,, 843-856, DOI: 10.1007/s00249-011-0700-9)

15: OPLS-AA/L all-atom force field (2001 aminoacid dihedrals)

在这里我们选择5作为演示。输入5然后按enter。

处理缺失的原子

如果输入的PDB文件中有缺失的原子，pdb2gmx 可能会提示你处理这些缺失的原子。根据需要选择相应的选项。如下：

Fatal error:
Residue 165 named MET of a molecule in the input file was mapped
to an entry in the topology database, but the atom CG used in
that entry is not found in the input file. Perhaps your atom
and/or residue naming needs to be fixed.

gmx pdb2gmx 遇到了一个问题，提示你在输入文件中找不到某个残基（MET, 即甲硫氨酸）的特定原子（CG）。这个问题通常与PDB文件中的残基和原子命名不一致有关。

解决步骤
检查PDB文件：

打开 new_7dhg.pdb 文件，找到第165个残基（MET）。
检查这个残基的原子命名是否与GROMACS拓扑数据库中的命名一致。特别是查看是否有名为CG的原子。
修正残基命名：

如果原子CG缺失，可能是因为PDB文件中的命名不符合GROMACS的要求。你可以手动编辑PDB文件，确保所有原子都正确命名，或者添加缺失的原子。
你可以使用文本编辑器打开PDB文件，查找MET残基的定义（通常是以MET开头的行），并确保原子命名符合标准（如：N, CA, C, O, CB, CG等）。
使用其他工具检查结构：

你可以使用其他分子可视化工具（如PyMOL或Chimera）来查看和编辑PDB文件。这些工具可以帮助你更直观地发现问题。
重新运行 pdb2gmx：

修正完PDB文件后，保存更改，并重新运行 gmx pdb2gmx 命令。