周欣的博客

1.统计fasta文件grep '>' filename.fasta | wc -l2. 在文件中的每一行之前加上一个字符串，比如：aaased 's/^/aaa/g' filename.txt > outputfile.txt3. 遍历整个文件夹，把所有txt文件中的aaa替换成bbbfind . -name '*.txt' | xargs perl -pi -e...

根据序列ID快速抽提fasta序列在进行完序列比对以及，在微生物多样性分析中经常要根据物种信息抽提特定ID的fasta格式的序列文件。传统方法大家肯定是一个个ID去查找，复制，粘贴。这种方法虽然很精确但是效率实在是太低了。如果能用几行命令解决不仅简单高效，而且还能一劳永逸，妈妈再也不用担心我花几天时间在查找序列上了。下面就正式教大家，怎么把两个文件名字不一样的文件中特定想要的序列文件一一匹配并提取...

在Linux中如何使用vim编辑文本文件vim a.txt按住Enter键进入vim程序界面后，可以查看文件a.txt的内容。若a.txt文件不存在，则文件内的内容是空的。此时的vim程序界面属于正常模式下不能输入字符，可对文件内内容进行浏览或者编辑。 正常模式下不能输入字符,可对文件内容进行浏览或编辑。对文件进行浏览的常用方法:按方向键、字母hjk1HL或滚动鼠标滚轮可以控制光...

[TOC]iTOL简介大家在看高分文章时，总会惊叹于，为什么人家能做出那么好看而且高大上的系统发育树，而且好看的图也能直接提升文章的档次，冲击高分文章。人家的树不管是从配色还是各种注释信息都让人无可挑剔，而你每次花了半个月时间做的进化树不是被老板嫌弃配色丑，就是太单调，没有各种辅助的注释信息。然后你默默捧起别人的文章学习时发现他们绝大部分都是用iTOL这个在线工具来进行的系统发育树...

 VIM是一款功能强大的文本编辑工具，也是我在Linux，Windows下编辑程序和文本最常用的工具。 初识VIMVIM分多种状态模式，写入模式，正常模式，可视化模式。正常模式：打开或新建文件默认在正常模式，可以浏览，但不可以写入内容。这个模式也可以称作命令行模式，这个模式下可以使用VIM强大的命令行和快捷键功能。其它模式下按ESC就可以到正常模式。 写入模式：在正常模式下按字母...

 本文首先发布于“宏基因组”公众号原创。作者：舟行天下编辑：metagenome前言用usearch，這个usearch在序列搜索、聚类、去重、去嵌合体等序列操作有非常重要的作用。它由大神Robert Edgar开发，详情见文章：扩增子分析神器USEARCH简介usearch这个软件的安装以及使用都非常方便，简直就是扩增子测序分析的神器！进入官网USEARCH我们可以看到作...

 本文首先发布于“宏基因组”公众号原创。作者：舟行天下编辑：metagenome前言在进行微生物多样性分析时，大家一定会做α，Β多样性分析。α多样品通俗来讲就是样本内的物种多样性。Β多样性是指在地区尺度上，物种组成沿着某个梯度方向从一个群落到另一个群落的变化率。即沿着某一环境梯度，物种替代的速率、物种周转率等。排序的过程是将样品或微生物物种排列在一定的空间， 使得排序轴能够...

 最新删除有道云笔记左下角方法1.首先找到这个跟广告有关的代码，一般安装位置在：\Youdao\YoudaoNote\theme 中的build.xml文件， 用文本编辑器打开这个文件，搜索以下这段代码： <PanelAd type="adpanel" css="public" ass="mainform panelclient PanelAd"> ...

grep显示颜色和行数,以什么开头用^; 以什么结尾用$ grep -n --color "^root" grep -n --color "root$"### 匹配不属于某个字符的grep grep -v ### 匹配空行 grep "^$" ##比如匹配所有没有空行的文件 grep -v "^$" ### 什么是egrep？grep -E =egrep ## [0-9]中括号...