用在线网站快速构建RaxML系统发育树

 

今天将给大家介绍一种更为专业的建树方法--用RaxML构建系统发育树。

RAxML详细使用介绍：

构建进化树的方法常见有：

Distance methods (距离法)

• UPGMA (unweighted pair group method with arithmetic means)
• Fitch-Margoliash
• Neighbor-joining

Discrete character methods (独立元素法)

• Parsimony
• Maximum likelihood

首先要用在线的MAFFT进行Alignment

MAFFT网址

1. 复制粘贴所有的fasta序列到文本框中
2. UPPERCASE / lowercase: 选择 Same as input
3. Direction of nucleotide sequences: Help 选择 Adjust direction according to the first sequence (accurate enough for most cases)
4. Output order: 选择 Same as input
5. 最后点击Submit
6. 我们将邮件中的结果复制粘贴，另存为一个.fasta的文件.

 

然后用Mesquite 软件打开alignment之后的文件

1. 这个软件解压之后可以直接点击运行
2. File—open file—选Fasta（DNA）—OK—输出 .nex的文件
3. 然后选File—export—Phylip(DNA/RNA)—OK—参数选择序列最长字母数—导出.phylip格式的文件。

 

在线进行系统发育树构建：

进入ATGC网站

• 上传上一步得到的(PHYLIP format)文件
• 选择建树模型：(如果前期得到了用Jmodeltest的树的模型可以在下列选项中选择一个模型），如果前期没有筛选模型选择GTR; Number of random starting tree: SPR
• Tree Searching： 如果没有给定的树选择：BIONJ，no
• Branch Support： Fast likelihood-based method：no Perform bootstrap：1000， yes
• 然后输入你任务的名字以及接收结果的email地址。

CIPRES 在线建ML树

http://www.phylo.org/portal2/login!input.action 注册登录 点击Creat New Folder

最后进行树的查看与编辑

Figtree （免费软件）查看并编辑树的软件

对于生成的树文件：节点上的数字是Bootstrap value，即自展支持率，或者自展值，是用来检验进化树分支可信度。 自展值，是用来检验你所计算的进化树分支可信度的。简单地讲就是把序列的位点都重排，重排后的序列再用相同的办法构树，如果原来树的分枝在重排后构的树中也出现了，就给这个分枝打上一分，如果没出现就给0分，这样经过你给定的repetitions次（至少1000次）重排构树打分后，每个分枝就都得出分值，计算机会给你换算成bootstrap值。重排的序列有很多组合，值越小说明分枝的可信度越低，最好根据数据的情况选用不同的构树方法和模型。

最后就是用RaxML构建系统发育树

• 程序自带的文件： raxmlHPC、 raxmlHPC-PTHREADS、 run 三个
• 准备文件两个：phy格式的比对好的序列， txt格式的partition文件

raxmlHPC -m GTRGAMMA -p 12345 -s case_6925align.phy -# 1000 –o FJ240310_Fusarium_aethiopicum_NRRL_46738 -n T1

 

1. 另存为一个.fasta的文件：all_SSU_MAFFT_aligned.fasta

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