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文献阅读
文章平均质量分 83
周欣5518
中科院微生物学博士
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番茄根围土传病
摘要根系细菌在发挥抑制土传病害上发挥着重要作用,这种复合益生菌群能有效增强对病害的抗性。本文中作者介绍了Pseudomonas 类群并且评价了他们对番茄病原菌Ralstonia solanacearum的抗性效果。本文作者提出了通过不同的益生菌群来抑制病原菌的新机制。用益生菌替代农药来拮抗病原菌是一个非常有前景的方向。然而,我们应该选择多少以及哪一种微生物来发挥作用,目前还不是很清楚。研究表明了增...原创 2018-05-05 16:41:05 · 314 阅读 · 0 评论 -
再这么配培养基,你的细菌都被毒死了!
[TOC] 本文“宏基因组”公众号原创。作者:猴头菇5518编辑:metagenome微生物培养基的前世微生物学家使用琼脂培养基已有120多年的历史。在1880年,著名的微生物学家科赫(对,就是大名鼎鼎的,提出病原微生物科赫氏法则的科赫)研制出了微生物学领域两项重要技术。一是用固体培养基进行的细菌菌株的纯培养。这种方法解决了用液体培养基培养细菌时,各种细菌混合生长在一起而难...原创 2018-12-20 21:30:28 · 3252 阅读 · 1 评论 -
PacBio RS II测序仪特点
PacBio RS II 测序系统原理PacBio RS测序仪系统的关键优势是能够对单个DNA(脱氧核糖核酸)分子进行测序,而目前市场上的主流测序仪只能对分子群体进行平均测序。单分子测序能对DNA中罕见的序列变异进行分析,也不需要在测序之前对DNA样本进行放大,因为放大过程可能引发错误,导致对某个DNA序列检测失败。其工作原理是用一种聚合酶将DNA的复制限制在一个微小的间隙中,给各种碱基加上荧...转载 2018-11-07 18:12:09 · 1798 阅读 · 0 评论 -
组学重建真菌现有分类系统
组学重建真菌现有分类系统A genome Tree of Life for the Fungi kingdom研究背景真菌是地球上最大、丰富度最高的生物之一,估计有150万到500万个物种,目前UNITE 数据库中有ITS序列的真菌物种为 73 929 个https://unite.ut.ee/ 而又全基因组数据的物种大约有400个,它们的基因组大小从2M-...原创 2018-11-02 09:51:03 · 1026 阅读 · 0 评论 -
Nature Biotechnol: 用16S及18S rRNA全长进行微生物多样性研究
本文“宏基因组”公众号原创。 作者:舟行天下编辑:metagenome摘要前段时间热心肠先生导读了《Nature子刊:高通量&无偏差,分析微生物群落的新方法》。 文中摘要提到:1.几十年以来细菌16S以及真核生物18S小亚基核糖体RNA(SSU rRNA)一直是研究微生物多样性以及进化生物学系统发育树构建的标准标记基因。然而,由于SSU rRNA 数据库收录的全长SSU都...原创 2018-11-02 09:43:31 · 6246 阅读 · 0 评论 -
真菌和细菌高通量测序引物选择
最常用的真菌ITS1区引物细菌内生菌测序引物 进行巢式PCR引物选择及反应条件 一些引物选择相关文献: The fungal primers ITS5-1737-F (5′-GGA AGT AAA AGT CGT AAC AAG G-3′) and ITS2-2043-R (5′-GCT GCG TTC TTC ATC GAT ...原创 2018-11-01 10:06:25 · 15463 阅读 · 1 评论 -
PNAS:人工构建玉米极简微生物组
[toc] 本文是牛犇老师(现任东北林大教授)2017年在PNAS上发表的关于玉米微生物组的文章,其研究思路以及方法都很值得大家参考和学习!现将本文内容概要分享给大家,如有不准确之处望大家指正。 链接: http://www.pnas.org/content/114/12/E2450 PDF: http://www.pnas.org/content/pnas/114/12/E2450.f...原创 2018-10-28 20:23:42 · 3276 阅读 · 0 评论 -
New Phytologist 投稿指南
New Phytologist 在经过110年发展后,在2012年变成了在线的开放期刊。该刊由非盈利组织运营,每年出版16次。本刊致力于快速审阅稿件,在线提交稿件地址为:http://mc.manuscriptcentral.com/newphytologist/这个期刊喜欢收录优秀、新颖、严谨、及时的植物科学研究与应用的相关研究。特别鼓励采用跨学科方法,但对于指导,期刊的组织如下。我们认识到...原创 2018-08-08 18:04:44 · 9897 阅读 · 0 评论 -
植物病原菌致病性测定
将获得的病原菌进行寄主回接, 完成柯赫氏法则的验证。 观察实验室寄主发病症状与田间发病症状是否保持一致,验证发病的寄主中分离的病原菌与接种病原菌是否一致,并记算病原菌的致病力。 具体操作如下: 催芽:选取饱满的种子,用 55°C 无菌水浸泡种子 2 h 后,把种子放在底部铺有湿润纱布的保湿盒中,置于 28°C 的恒温箱中进行催芽,备用。 菌种培养:将保存的菌种在 PDA 平板上活化后, 转接至 P...原创 2018-05-08 12:25:58 · 5394 阅读 · 0 评论 -
柑橘黄龙病微生物组研究
实验设计作者选取11年的中甜的橙子,从地中选取3棵健康的树以及3棵发病的树。所有土壤收集步骤都必须在冰上进行,挖取根系2cm左右的土壤,晃动根系去掉根表松弛的土壤。然后用画笔刷刷根系以获取根围土壤;然后把所有根系置于提前冰镇的PBS溶液中,根围土壤提取的方法用Edward(2015)的超声提取法。根系要进行两次20S的超声,然后去除根系,4度,12000xg 离心1min获取沉淀。所有根表和根围的...原创 2018-05-07 09:04:38 · 813 阅读 · 0 评论 -
主要蔬菜土传病害
黄瓜霜霉病:Pseudoperonospora cubensis(专性寄生)黄瓜白粉病:Sphaerotheca cucurbitae(专性寄生)辣椒灰霉病、番茄灰霉病、黄瓜灰霉病:Botrytis cinerea黄瓜蔓枯病:Mycosphaerella melonis黄瓜枯萎病:Fusarium oxysporum f. sp. Cucumebrium黄瓜疫病:Phytophthora melo...原创 2018-05-06 14:12:17 · 722 阅读 · 0 评论 -
番茄镰刀枯萎病的3个生理小种
摘要:番茄枯萎病是一种导致番茄严重减产的土传病害。它的分子特性描述以及与宿主的相互作用对于病害的防治非常重要。作者分离了20株不同的FOL菌株,它们被用于培养,形态学观察,分子和毒力实验。研究结果显示所有菌株都产生不同大小的大小孢子,细胞,培养物的颜色以及生长状态都不同。FO物种特异性PCR扩增出了600bp的显著片段。FOL-8被鉴定为高毒力菌株,FOL-20被鉴定为低毒力菌株。蛋白组学用于鉴定...原创 2018-05-05 16:49:44 · 592 阅读 · 0 评论 -
抑制性土壤研究进展
摘要:抑制性土壤能保护植物免受fungi, oomycetes, bacteria, and nematodes的感染。大多数情况下操作这些特殊病害抑制性的因子都是原生微生物。因此,抑制性土壤被认为是含有大量拮抗病原微生物的有益微生物的丰富资源地。到目前为止,好几个微生物属被认为是在抑制性土壤中发挥关键作用,但微生物之间复杂的相互作用以及揭示抑制性的机制和微生物的性状都还并不清楚。最近高通量测序技...原创 2018-05-05 16:46:05 · 1226 阅读 · 0 评论 -
抑制性土壤
理解植物对土壤微生物的反应仍然在起步阶段。本文作者重点关注番茄,测试植物生长在自然土壤表现出不同的对土壤微生物的反应。通过使用转录组学,蛋白组学以及生物农药我们描述了对番茄镰刀根腐病感病和发病的两种不同基因型生长在人工生长基质以及两个自然土壤(镰刀菌抑制性土壤以及镰刀菌感病土壤)。自然土壤影响番茄的方式包括调节与氧化应激反应,苯酚的合成;木质素沉积和植物先天免疫相关的代谢途径,尤其是在抑制性土壤中...原创 2018-05-05 16:43:57 · 974 阅读 · 0 评论 -
Cell Host综述-建立因果关系-人工微生物群落的构建
Establishing Causality: Opportunities of Synthetic Communities for Plant Microbiome Research 建立因果关系:合成菌群在植物菌群研究中的机会 Cell Host and Microbe [IF:17.872] 2017-08-09 Perspective DOI: https://doi.org/1...原创 2018-12-16 15:30:08 · 5270 阅读 · 0 评论