galaxy系统运行环境和工具运行环境的差异

明确两点：

（1）galaxy的python环境和系统的python环境不是同一个环境

（2）工具xml里面python环境和系统python环境、galaxy系统的python环境可以不同，默认情况下xml里面python是与galaxy的python相同

bash     galaxy/run.sh启动galaxy系统时，启用的python环境是galaxy自带的,可能是2.7或者3.7，当然可以指定galaxy启用的python版本，另一方面，如果source  galaxy/.venv/bin/activate  启用galaxy的虚拟环境，可以输出python版本，同样是2.7或者3.7 ，如下所示：

这个时候导入skiamge报错：

很可能你在python3.7下面根本没安装相应的库，而你的库，如skiamge、matplotlib等等很可能是通过conda install安装在系统python 3.6的环境下。事实上你命令行输入python/python3命令时,看到的环境变量是3.6版本的，即系统的版本

发现可以导入相应的库：

所以你安装的库应该在3.6里面，而xml里面调用的是python3.7或者python2.7,即是galaxy启动时的版本。

只需要将工具的执行环境，在xml里面命令行执行python3.6即可!!

即工具的python版本环境可以和系统的不同！

 

另外工具代码里面调用其他文件时，不能写相对路径，被调用文件也不能放在工具源代码的同级目录，源代码里面必须给出被调用文件的绝对路径。因为galaxy执行”Execute“时，实际上是针对galaxy系统工程的执行，包括xml文件的调用，工具源代码大调用，所以相对路径不是源代码路径，而是整个工程的路径！相对路径是找不到文件的！！而我们平时通过简单的命令行执行时，是可以把可行性程序和被调用文件放在一个目录下的。