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galaxy
文章平均质量分 82
zhuiyuan2012
这个作者很懒,什么都没留下…
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学习galaxy的网站
https://gitter.im/galaxyproject/Lobbyhttps://github.com/galaxyproject/galaxy/https://galaxyproject.org/admin/tools/add-tool-tutorial/http://www.darwintree.cn/iworkflow/?tool_id=sort1&version=1.1.0&__identifer=5vexjpa1slmhttps://docs.galaxyproje原创 2021-06-29 15:00:18 · 328 阅读 · 0 评论 -
galaxy 不同服务器上远程调用工具
1、本地服务器将工具代码拷贝到GPU服务器执行,并返回结果文件主要问题:远程服务器上工具是否执行完毕,生成了结果文件需要判断。(1)方法1在远程服务器上放检测生成文件的脚本,如果检测到生成文件,则将结果文件取回本地服务器。这种情况下允许本地服务器上次工具代码到远程服务器上执行,并生成结果文件。由远程服务器脚本判断文件生成情况。本地服务器不断循环调用结果文件检测脚本命令,直到接收到结果文件生成信号,则去远程服务器上取回文件。(2)方法2在远程服务器上启动服务,监听本地指令。这种情况下远程服原创 2020-07-07 13:43:53 · 202 阅读 · 0 评论 -
python3.7.5出现ImportError: libssl.so.1.0.0: cannot open shared object file: No such file or directory
报错1:ImportError: libssl.so.1.0.0: cannot open shared object file: No such file or directory解决办法:在make && make install 出现如下错误:报错2:编译openssl失败(SLES11.3), undefined reference to `OPENSSL_cpuid_setup'https://stackoverflow.com/questions/11381.原创 2020-07-02 10:13:54 · 10751 阅读 · 1 评论 -
galaxy 工具报错解决办法汇总
1. chaos工具报错信息:解决办法:更新numpy版本信息,依赖库一起安装2、MSISE工具报错信息:解决版本:pip install msise003、IRI模型报错信息:解决办法:pip install pillow4、IRI工具报错信息:解决办法:conda install scipy5、IRI工具报错信息:解决办法:python 3.6里面缺少get_scheduler,需要安装pyth...原创 2020-06-02 20:56:03 · 813 阅读 · 1 评论 -
使用了matplotlib.use('AGG')还是提示QXcbConnection: Could not connect to display
本想通过plot绘图并保存图片,但是提示错误:QXcbConnection: Could not connect to display hpc108-PowerEdge-R730:12.0Aborted (core dumped)报错代码:将use('AGG')放在pylot函数库前面:此时报错问题解决。另外,matplotlib绘图过程中,如果仅仅是保存图像,...原创 2019-12-13 10:17:26 · 2867 阅读 · 0 评论 -
galaxy 安装geopack 和chaosmagpy、IRI2016、Wavelet
1. pip install geopack2. pip install chaosmagpy, 报错:因为安装chaosmagpy 需要安装 cartopy 和其他库,系统只缺少cartopy, 所以执行: conda install cartopy 或者将python 、numpy等库重新安装:最后执行:pip install chaosmagpy3....原创 2019-06-21 00:13:36 · 485 阅读 · 0 评论 -
galaxy系统运行环境和工具运行环境的差异
明确两点:(1)galaxy的python环境和系统的python环境不是同一个环境(2)工具xml里面python环境和系统python环境、galaxy系统的python环境可以不同,默认情况下xml里面python是与galaxy的python相同bash galaxy/run.sh启动galaxy系统时,启用的python环境是galaxy自带的,可能是2.7或者3.7...原创 2019-07-03 19:56:34 · 497 阅读 · 0 评论 -
galaxy相关
1. galaxy每次刷新时,页面东西不变:galaxy中config下的tool_conf.xml里注册ID 与tools的xml里ID不能相同2. galaxy中command命令的执行:(1) python3 '$__tool_directory__/ephemeris.py' --input='$begin' ...原创 2019-05-28 09:05:52 · 339 阅读 · 0 评论