seqkit：处理数据的ACE

功能：统计、格式转换、长度筛选、质量值转换、翻译、反向互补、抽样、去重、滑窗、拆分等30项

以其中一项提取序列为例：

seqkit grep -f list txt.fa > a.fasta

用法帮助：

抽提reads, 2代3代

-p 0.25 抽25%
zcat GB-1_R1.fq.gz | seqkit sample -p 0.25 -o  E200010991_L01_GB-1_seqkit.R1.fq.gz

zcat GB-1_R2.fq.gz | seqkit sample -p 0.25 -o  E200010991_L01_GB-1_seqkit.R2.fq.gz

抽10000条
seqkit sample -n 10000 3rd/m84114_240313_044246_s2.hifi_reads.bc2036.bam.ccs.fa.gz >seqkit.fa.gz

参考;

seqkit：序列梳理神器-统计、格式转换、长度筛选、质量值转换、翻译、反向互补、抽样、去重、滑窗、拆分等30项全能...-CSDN博客