SNP----index（先减在平均）

SNP-Index计算（窗口基于SNP数目）

　　分析模块，输入过滤后的VCF变异信息文件，由分析模块“Clean VCF file for BSA Analysis”生成。VCF文件必须包含两个混池样品的变异信息（混池间的个体性状存在极端差异）。分析模块，根据设定的窗口大小（SNP number）和步长（SNP number），对窗口进行滑动，计算区间内所有变异位点的SNP-Index均值。

       SNP-Index指覆盖基因组某一位点的reads中，在该位点含有突变型亲本基因型的reads占总reads的比例。如下图所示，参考基因组上是C碱基，G是突变碱基，覆盖左边的C的reads有10条，其中有4条reads该位点是G，那么SNP-index为0.4；而覆盖右边的C的10条reads，该位点全部是G，那么SNP-index为1。受限于有限的测序深度和测序随机性带来的波动，单个SNP计算SNP-index值通常不稳定。为了克服这个问题，我们通常会计算某个区间内的SNP-index均值。

输入、输出 格式说明如下所示。

CHROM：染色体名称

START：窗口起始坐标（bp）。

END：窗口终止坐标（bp）。

Number：窗口内的SNP个数。

Builk1：混池1在这个区间内所有变异位点SNP-Index计算结果的平均值（混池名称与输入的VCF文件中的名称一致）。

Builk2：混池2在这个区间内所有变异位点SNP-Index计算结果的平均值（混池名称与输入的VCF文件中的名称一致）。

D-VALUE：混池1与混池2在这个区间内SNP-Index均值的差值计算结果。

参考：SNP-Index计算（窗口基于SNP数目） (yunbios.net)

参考文献：

Takagi H, Abe A, Yoshida K, et al. QTL‐seq: rapid mapping ofquantitative trait loci in rice by whole genome resequencing of DNA from twobulked populations[J]. The Plant Journal, 2013, 74(1): 174-183.

Abe A, Kosugi S, Yoshida K, et al. Genome sequencing revealsagronomically important loci in rice using MutMap[J]. Nature biotechnology,2012, 30(2): 174-178.