CT影像文件格式DICOM详解

CT影像文件格式DICOM详解

DICOM简介

DICOM（Digital Imaging and Communications in Medicine）即医学数字成像和通信，是医学图像和相关信息的国际标准（ISO 12052）。DICOM被广泛应用于放射医疗，心血管成像以及放射诊疗诊断设备（X射线，CT，核磁共振，超声等），并且在眼科和牙科等其它医学领域得到越来越深入广泛的应用。所有患者的医学图像都以 DICOM 文件格式进行存储。这个格式包含关于患者的 PHI（protected health information，https://en.wikipedia.org/wiki/Protected_health_information ）信息，例如姓名，性别，年龄，以及其他图像相关信息比如捕获并生成图像的设备信息，医疗的一些上下文相关信息等。医学图像设备生成 DICOM 文件，医生使用 DICOM 阅读器（能够显示 DICOM 图像的计算机软件）阅读并对图像中发现的问题进行诊断。本人推荐的DICOM 阅读器为Mango

目前采用的标准是DICOM3.0，每一张图像中都携带着大量的信息，这些信息具体可以分为以下四类：（a）Patient（b）Study（c）Series（d）Image。每一个DICOM Tag都是由两个十六进制数的组合来确定的，分别为Group和Element。如(0010,0010)这个Tag表示的是Patient’s Name，它存储着这张DICOM图像的患者姓名。

一张CT图像有 512x512 个像素点，在dicom文件中每个像素由2字节表示，所以每张图片约512KB大小。图像中每个像素都是整数，专业名称为 Hounsfield scale 或 CT Number，是描述物质的放射密度的量化值(参考Wikipedia)。下表为常见物质的HU值。

DICOM信息获取
我们暂时不关注dicom信息的具体格式，我们关注如何用python获取到相关的信息以及那些信息是比较重要的。我们能获取到的信息分为两类：1.DICOM文件信息 2.DICOM具体的数据
获取信息的相关代码如下：

import pydicom as dicom

DATA_PATH = 'J:/dataset/LIDC-IDRI/LIDC-IDRI/LIDC-IDRI-0001/01-01-2000-30178/3000566-03192/'

#获取Dicom文件信息说明
f = dicom.read_file(DATA_PATH + '000001.dcm')
print(f)

import SimpleITK as sitk
import cv2
import matplotlib.pyplot as plt

#获取Dicom数据
ds = sitk.ReadImage(DATA_PATH