使用U-Net进行肺结节分割案例分析:DSB3Tutorial

本文详述了一个使用U-Net进行肺结节分割的案例,基于LUNA2016数据集,通过LUNA_mask_extraction.py和LUNA_segment_lung_ROI.py生成掩码和分割图像,然后在GTX1060上训练U-Net模型。然而,训练结果的dice系数仅为0.3,可能的原因包括肺实质分割效果不佳、GPU配置不同等。作者将继续分析问题所在。

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使用U-Net进行肺结节分割案例分析:DSB3Tutorial

本文要分析的代码作者是jonrmulholland,这里是其链接地址
数据集:LUNA 2016,这里是LUNA2016数据集详细说明链接
重要文件介绍:LUNA_mask_extraction.py,LUNA_segment_lung_ROI.py,LUNA_train_unet.py

第一步:运行LUNA_mask_extraction.py,生产images_#.npy,masks_#.npy
该步骤主要是生产掩码文件,该掩码文件作为实验的输出结果,运行成功后,可以通过下列代码查看结果:

#查看掩码生成的文件
def CheckImageMask():
    working_path = "./tutorial/"
    imgs = np.load(working_path + 'images_0001_0009.npy')
    lungmask = np.load(working_path + 'masks_0001_0009.npy')

    # np.set_printoptions(threshold=np.inf)
    # print("numpy 打印显示不全处理")

    # print(lungmask)
    # print(imgs[0])
    # print(imgs[0] * lungmask[0])

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