左西年的MATLAB专栏

原创 回归我的MATLAB博客

以后会陆续写作在科研过程中使用MATLAB的体会和技巧，特别是集中在人脑连接组学方面。

原创 关于FSL安装在Mandrake10.2下的一个问题。

Oxford开发的医学影像数据处理软件FSL现在的版本是3.3.7，值得注意的一种情况是它内部包含的FSLVIEW需要的C++标准程序库版本是5.0的，具体文件是/usr/lib/libstdc++.so.5，所以在较新的linux发行版中，如果不携带此版本的库，那么fslview的显示和编译就会出问题，今天给组里一台安装了mandrake10.2的机器安装FSL时就碰到了这问题。实际上，mand

原创 SPM中使用的血氧动力学响应曲线

在SPM所涉及的激活区检测的GLM模型中的设计矩阵的构造一般是依赖于对于特定实验设计的设计曲线和人脑血液动力学水平曲线的卷积计算，一直以来，对血液动力学相应曲线不是很清楚，查了一下spm_hrf.m，发现它是两个GAMMA函数曲线的线性组合，详细的表达式如下图： 

原创 转移计算平台：RedHat AS4.0+fluxbox

大部分时间都是进行远程的神经科学数据分析计算，由于原有RedHat内核的问题是的SPM5的模型估计有问题，最快的搭建了一个远程管理界面，采用fluxbox作窗口管理，以后慢慢把MATLAB/SPM/AFNI/FSL转移过来，不过这个服务器空间不太，太庞大的数据暂时不能处理，什么时候跟那边要点空间。 

原创 MATLAB Release14 with SP3安装在不同版本linux内核上对SPM5的影响

缘起昨天证实了一件事情，因为前段时间测试SPM5的新功能和分析性能，当我使用SPM开发中心提供的face_rep数据集进行测试时，出现了很有意思的事情：每次到了categorical估计的时候，总会在ReML迭代估计时出现如下错误：Temporal non-sphericity (over voxels)   :             ...REML estimation  ReML B

原创 fMRI计算软件中相关的坐标系知识

数学上来讲，这根本不是一个问题，但是有一点很重要：必须熟悉各种常用软件中的坐标系设定情况和基本常识，特别是当你在多种分析软件来回地切换时。所以写了这个帖子，纯属个人搜集，如有异议，可以商榷。 一些基本惯例 以脑子自身作参照物来讲，脑子的左边定义为x轴的负半轴，右边则为x轴的正半轴，以此类推，现实世界的坐标系是这样的：x坐标自左至右增加，y坐标自后向前增加，z坐标自下而上增加。这恰

原创 关于非参数统计量

这两天仔细读了臧老师在2004年发表在NeuroImage上的使用KENDALL和谐系数作为度量fMRI数据的局部一致性（ReHo）的文章，对于其选作秩序统计量（rank order statistics）KCC作为量化指标，有了一些统计学上的理解。[1]、选择KCC当然天然具备了秩统计的鲁棒性（Robust）。[2]、统计学中处理这样的实际问题：手头有几组从不同来源得到的数据，需要判断这些数据来

原创 推荐矩阵代数学习资料

 昨天听了科学计算方面世界大牛MAX的报告，那真叫醍醐灌顶啊，报告的名字叫：Interdisciplinary Research and Training Computational Science and Engineering and the Role of Mathematics!晚上在家的时候静下来想一想：现在我们组里的人员，不就是个交叉学科大汇总吗，MAX提到在美国research国家也

原创 随机扰动函数的使用

有时我们需要对某种顺序作出随机打乱的效果，这时在MATLAB中的一个函数randperm就显得非常有用处。它的用法很简单，举个例子：如果想产生一个1到24的随机顺序，那么命令randperm(24)会告诉你一个：[24 8 21 15 2 22 16 19 10 7 4 3 11 14 6 12 23 9 5 20 18 13 17 1] 

原创 MATLAB与神经影像计算方法

写作缘起：企图通过MATLAB工程计算语言来展示如何在神经影像数据处理相关方法学、科学计算和神经科学理论中进行沟通。写作期限：截止到2006年10月中旬。Part I: 概要方法学上，神经影像学数据的处理方法可以从两个角度来归类：第一个角度是所用方法是线性还是非线性方法，第二个角度则从方法处理数据时如何看待并发获取的数据分为一元和多元方法。因此，逻辑上讲会有四个方法集合：一元线性、一元非线性、多元

原创 MATLAB直观演示基本几何变换矩阵

日常生活中的一些几何变换都往往与某个矩阵对应，现在的高中教材里有非常直观的解释。如果你要问什么是矩阵（matrix），呵呵，还记得电影matrix里面的一句台词吗？“恐怕只有上帝知道matrix是什么？”，其实说到底矩阵就是一堆数排成方队，关键是理解她与某种变换有关。本贴主要集中在两种几何变换：平面旋转、平面映射。先结合MATLAB的直观可视技术来解释这两种变换对应的矩阵，然后介绍它们在高效计算奇

原创 MATLAB与外部程序的数据交互三板斧

用好MATLAB有个非常关键的因素：与外部程序的数据交互。这些外部程序非常多，举例来说像电子表格程序EXCELL、数据可视化程序TECPLOT、文本处理程序NOTPAD以及其他科学计算程序（比如运筹规划程序LINGO）等。用到的函数主要有这些：load/save，fopen/fread/fwrite/fgetl/fgets，xlsinfo/xlsread/xlswrite，textread/tex

原创 linux下的MRIcro截图

这样在linux平台下，处理fMRI的工具就齐了：MATLAB[SPM]+AFNI+MRIcro。 

原创 FWHM的直观图

一直以来想搞清楚FWHM这个名词的由来，使用MATLAB画了一下高斯磨光核的图形，发现那还是有意思的。FWHM英文是Full Width at Half Maximum，同时在文献中也可以见到这样的词HWHM，其英文是Half Width at Half Maximum，字面上来讲这两个词都是指一个度量长度的数量，只不过前者是后者两倍而已，本质上这就完全给了高斯分布一个刻画。生成图形的代码如下

原创 用MATLAB画了一张PCA/ICA空间变换运用在模拟fMRI数据上的示意图