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计算神经科学
zuoxinian
这个作者很懒,什么都没留下…
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linux下的MRIcro截图
这样在linux平台下,处理fMRI的工具就齐了:MATLAB[SPM]+AFNI+MRIcro。原创 2006-07-20 13:28:00 · 2990 阅读 · 0 评论 -
FWHM的直观图
一直以来想搞清楚FWHM这个名词的由来,使用MATLAB画了一下高斯磨光核的图形,发现那还是有意思的。FWHM英文是Full Width at Half Maximum,同时在文献中也可以见到这样的词HWHM,其英文是Half Width at Half Maximum,字面上来讲这两个词都是指一个度量长度的数量,只不过前者是后者两倍而已,本质上这就完全给了高斯分布一个刻画。生成图形的代码如下原创 2006-07-20 13:19:00 · 13524 阅读 · 2 评论 -
fMRI计算软件中相关的坐标系知识
数学上来讲,这根本不是一个问题,但是有一点很重要:必须熟悉各种常用软件中的坐标系设定情况和基本常识,特别是当你在多种分析软件来回地切换时。所以写了这个帖子,纯属个人搜集,如有异议,可以商榷。 一些基本惯例 以脑子自身作参照物来讲,脑子的左边定义为x轴的负半轴,右边则为x轴的正半轴,以此类推,现实世界的坐标系是这样的:x坐标自左至右增加,y坐标自后向前增加,z坐标自下而上增加。这恰原创 2006-07-20 15:38:00 · 5705 阅读 · 0 评论 -
用MATLAB画了一张PCA/ICA空间变换运用在模拟fMRI数据上的示意图
原创 2006-07-20 13:07:00 · 3837 阅读 · 1 评论 -
MATLAB与神经影像计算方法
写作缘起:企图通过MATLAB工程计算语言来展示如何在神经影像数据处理相关方法学、科学计算和神经科学理论中进行沟通。写作期限:截止到2006年10月中旬。Part I: 概要方法学上,神经影像学数据的处理方法可以从两个角度来归类:第一个角度是所用方法是线性还是非线性方法,第二个角度则从方法处理数据时如何看待并发获取的数据分为一元和多元方法。因此,逻辑上讲会有四个方法集合:一元线性、一元非线性、多元原创 2006-07-20 13:50:00 · 2319 阅读 · 0 评论 -
MATLAB Release14 with SP3安装在不同版本linux内核上对SPM5的影响
缘起昨天证实了一件事情,因为前段时间测试SPM5的新功能和分析性能,当我使用SPM开发中心提供的face_rep数据集进行测试时,出现了很有意思的事情:每次到了categorical估计的时候,总会在ReML迭代估计时出现如下错误:Temporal non-sphericity (over voxels) : ...REML estimation ReML B原创 2006-07-28 13:30:00 · 2490 阅读 · 0 评论 -
SPM中使用的血氧动力学响应曲线
在SPM所涉及的激活区检测的GLM模型中的设计矩阵的构造一般是依赖于对于特定实验设计的设计曲线和人脑血液动力学水平曲线的卷积计算,一直以来,对血液动力学相应曲线不是很清楚,查了一下spm_hrf.m,发现它是两个GAMMA函数曲线的线性组合,详细的表达式如下图:原创 2006-08-02 13:38:00 · 6215 阅读 · 0 评论 -
回归我的MATLAB博客
以后会陆续写作在科研过程中使用MATLAB的体会和技巧,特别是集中在人脑连接组学方面。原创 2011-08-12 08:13:08 · 1199 阅读 · 1 评论