fMRI计算软件中相关的坐标系知识

数学上来讲，这根本不是一个问题，但是有一点很重要：必须熟悉各种常用软件中的坐标系设定情况和基本常识，特别是当你在多种分析软件来回地切换时。所以写了这个帖子，纯属个人搜集，如有异议，可以商榷。 

一些基本惯例

• 以脑子自身作参照物来讲，脑子的左边定义为x轴的负半轴，右边则为x轴的正半轴，以此类推，现实世界的坐标系是这样的：x坐标自左至右增加，y坐标自后向前增加，z坐标自下而上增加。这恰好也是Talairach和Tournoux脑图的组织方式，数学上看这是一个最常见的右手坐标系统。
• 物理世界坐标没有必要非得对应着体素的坐标，也就是说后者指的是图像如何存储在计算机文件中。举个例子来讲：当你从大脑左边移动到右边时，现实坐标的x坐标是增加的，然而对应的体素的索引却是减小的，换句话说，图像的存储是按照从右到左存储的。这时的存储坐标系统就是典型的左手坐标系，并且这也是Analyze格式文件的存储约定。
• 正是这种与现实世界坐标系相反的体素坐标系使得人们往往称Analyze文件是按照放射学格式存储数据的。但是，非常重要的一点是：无论是从放射科视角还是从神经科视角来显示图像，这都不依赖于数据的存储方式。下面提到的SPM和FSL的图像浏览器会很好的说明这一点。
• 标准空间图像是MNI图像，考虑以Analyze格式的avg152T1（左手存储坐标系）。

FSLVIEW

• Fslview以放射科视角显示图像，即：图像的左边对应大脑的右边。
• 下面考虑它如何显示FSL和SPM5所附的标准空间图像。
• 载入$FSLDIR/etc/standard/avg152T1.img：选择轴位