读取MR图像为torch.Tensor格式

本文介绍如何将MRI医学图像读取为PyTorch的Tensor格式,利用Dataset和DataLoader进行预处理,以便于深度学习模型的训练。
摘要由CSDN通过智能技术生成

from torch.utils.data import Dataset, DataLoader
import numpy as np
import SimpleITK as sitk
import os

class My_MR_Dataset(Dataset):
    """
        下载数据、初始化数据,都可以在这里完成
    """

    def __init__(self, src_folder, params):
        self.params = params
        self.src_folder = src_folder

        self.loadTrainingData()
        self.images_numpy = self.getNumpyImages()
        self.gt_numpy = self.getNumpyGt()

        assert len(self.images_numpy) == len(self.gt_numpy)

        self.len = len(self.images_numpy)

    def __getitem__(self, index):
        return self.images_numpy[list(self.images_numpy.keys())[index]], self.gt_numpy[list(self.gt_numpy.keys())[index]]

    def __len__(self):
        return self.len

    def get_new_spacing(self, sitkImage, new_size):

        center = np.array(sitkImage.GetOrigin())
        old_size = np.array(sitkImage.GetSize())
        old_spacing = np.array(sitkImage.GetSpacing())
        new_size[-1] = old_size[-1]

        x_rate = 0.45
        y_rate = 0.45

        old_size[0] = old_size[0] * x_rate
        old_size[1] = old_size[1] * y_rate

        new_spacing = ((old_size * old_spacing + center) - center) / new_size
        new_spacing[-1] = old_spacing[-</
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